1．赔与不赔的矛盾
如果《侵权责任法》并未排斥“其他法律”的适用，则《条例》49条规定的“不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任”是否依然有效?如果有效，就会和《民法通则》产生矛盾。根据后者第106条之规定：“由于过错……侵犯他人财产、人身的，应当承担民事责任。”也就是说，即便不属于医疗事故，只要医方的医疗过失行为给患者造成不应有的损害，都应当根据其过错程度对其进行相应赔偿。
2．“重责轻赔，轻责重赔”的矛盾
这是医疗损害赔偿诉讼中屡见不鲜的一个荒谬怪圈：由于医疗事故适用《条例》赔偿，而非医疗事故的一般医疗损害则适用《民法通则》及其司法解释予以赔偿，导致两者之间的赔偿标准相差反常——《条例》只规定了11项赔偿项目，《民法通则》却规定了13项，后者规定了死亡赔偿金，前者则没有。故构成医疗事故的死亡案件按照《条例》处理，患者的近亲属只能获得精神损害抚慰金(但包含了死亡抚慰金)；而在不构成医疗事故的死亡案件中，患者的近亲属按照《民法通则》处理，却可以获得死亡赔偿金加上精神损害抚慰金的双重赔偿，二者之间数额往往相差巨大，这就造成了“重责轻赔，轻责重赔”的怪现象，导致两种裁判的结果显失公平，也给司法界带来了极大的困惑。
3．如何赔的方式、方法的矛盾
在具体赔偿的方式、方法上，《条例》和《关于审理人身损害案件适用法律若干问题的解释》也存在较大差异，例如：对于医疗费，《条例》第50条第1款规定“按照医疗事故对患者造成的人身损害进行治疗所发生的医疗费用计算”，不包括原发病医疗费用，后续治疗费“按照基本医疗费用支付”；而《解释》第19条则规定按照治疗“实际发生的数额确定”，同时还包括“器官功能恢复训练所必要的康复费、适当的整容费以及其他后续治疗费”等，两者出入相差很大。再如丧葬费的赔付，《条例》第50条第7款规定“按照医疗事故发生地规定的丧葬费补助标准计算”，其金额约为3000元左右；而《解释》第27条则规定“按照受诉法院所在地上一年度职工月平均工资标准，以六个月总额计算”，死者近亲属可以获赔6000～8000元左右。
