(一)在法律制度上存在先天不足
1．法律效力先天不足
统一的住房保障制度法律法规暂付阙失。发达国家建设住房保障的一个重要经验就是立法先行。在我国只是国务院发布的通知或意见、各部委出台的管理办法和条例以及地方政府适用于本地区的管理办法。法律保障滞后，相关部门和各级政府的权力和义务就缺乏严格的界定，对公共权力的限制也无从谈起，更不能保证住房保障制度建设和落实过程中的公正性。
2．制度实施先天不足
社会转型背景下的政府职能缺位与中央和地方政府的权责(能)平衡。社会转型必然要求政府职能的转变，从全能型的政府转变为提供公共服务为主的政府。住房体制改革后，在调节住房二次分配的领域、保障居民的基本居住权方面，出现了职能缺位，与住房保障相关的制度设计滞后。
3．政府内部结构先天不足
目前住房保障制度中的部分问题起因于地方政府层面上或明或暗的“软阻力”，而“软阻力”则于中央和地方政府间不平衡的权责关系密切有关。在现行的财政分配体制下，中央政府和地方政府的事权与财权存在不对等情况。由于政府执行主体不恰当的利益追求，出现对政策的抵制执行现象，导致政府执行力的丧失。
(二)在政策制定上不合理
1．政策目标不合理
从1998年开始，我国政府曾一再重申要建立起与社会主义市场经济体制相适应的住房供应体系。但当时的政策目标并不全是为了解决城镇中低收入家庭的住房问题，它还担负着扩大内需、拉动经济增长的使命。政策的定位模糊，导致经济适用房在政策性房和商品房之间摇摆。
2．界定标准模糊
在我国保障性住房的界定标准中，由于存在着对适用人群界定不清的空白区间，导致了“夹心层”这一特殊的社会群体的出现，并有日趋扩大的倾向，从而使政府的相关政策效力大打折扣。
3．政策偏移现象严重
在我国保障性住房政策的执行过程中，政策偏移的现象十分严重，导致经济适用房不“经济”、廉租房不“廉价”的现象，并不能切实解决中低收入者的住房难题。
4．监督机制缺失
在我国保障性住房的发展历程中，由于还没有建立起完善的审查、申请、审批和退出机制，因此在交易过程中还存在诸多的“灰色区域”，使监督机制形同虚设，有时成贪腐和公权寻租的工具[5]。
(三)在具体操作上存有问题
1．保障对象参与的缺位
政府投入大量资金及土地资源建设保障性住房小区，建成后却无人问津，造成大量的资源浪费。究其根本原因，在于保障对象参与的缺位，目前保障性住房用地大多为城市边缘用地，交通不便，配套不全，政府一厢情愿地建设保障性住房，却不管所提供的是否为保障对象所需要的，最终导致保障对象“用脚投票”。
