第三，TRIPS协定规定的强制许可在具体实施过程中容易招致发达成员、制药业巨头的极力反对，并引发争端。如2001年巴西政府要求国际制药公司（Merck& Co.与Roche）降低治艾药品价格及强制许可案争端； 2007年泰国政府对美国Merck& Co.公司药品Stocrin，美国Abbott公司的专利药品Kaletra以及法国Sanofi-Aventis制药集团治疗心脏病的抗凝血药品Plavix强制许可争端，等等，都会导致TRIPS协定中强制许可规则的实际意义大打折扣。
以上种种情形，在一定程度上彰显了现实情况下公共健康与知识产权保护的矛盾与冲突，TRIPS协定中专利强制许可规则成了发展中成员特别是最不发达成员解决公共健康危机的严重障碍。
二、公共健康危机：TRIPS协定修订的根本动因
进入新世纪以来，发展中成员、最不发达成员的公共健康问题，特别是艾滋病、肺结核、疟疾等流行病对整个人类健康造成了严重的威胁，受到了国际社会越来越深切的关注。在非洲和拉丁美洲，疟疾、结核病和艾滋病等致命性传染病正在蔓延，成为当地人们健康和经济发展的灾难性杀手。而造成这种现象的一个关键因素，就是当地患病者无法逾越专利治疗药品的高价壁垒，难以获得有效的廉价治疗药品。发达成员的药品专利权人严格控制着有关药品的生产、推广及定价，而符合强制许可规定的仿制药又不能进人市场，这就使得发展中成员、最不发达成员无法获得便宜的专利药品或仿制药。尽管TRIPS协定第31条允许成员国通过强制许可解决本国公共健康危机，但由于该项下的强制许可药品只能主要供应本国市场，且实施成本、实施条件高，又极易招致专利权人及所属国家的抵制。所以，实践中强制许可并不能得以顺利实施（如泰国、巴西与美国药品强制许可争议案）。此外，没有制药能力也无能力实施强制许可生产仿制药的发展中成员、最不发达成员也无法从其他实施强制许可的成员进口急需药品。因此，TRIPS协定第31条下的强制许可难以为发展中成员，特别是最不发达成员提供实质性帮助。
TRIPS协定一边倒向发达成员的利益，过度强调知识产权保护，忽视公共健康等公共利益，引起了发展中成员与最不发达成员的强烈不满。社会公众与一些非政府组织强烈呼吁修订或临时终止TRIPS协定相关条款（的执行），以使发展中成员、最不发达成员面临的日益严重的公共健康危机得到及时有效遏制。联合国人权促进小组委员会2000年8月通过的《知识产权与人权》决议明确指出，“TRIPS协定并没有反映所有人权基本性质和整体性，包括人人享有获得科学进步及其产生利益的权利、享受卫生保健的权利、享受食物的权利和自我决策的权利。所以，TRIPS协定与国际人权法之间存在明显冲突”{2}。2008年5月第61届世界卫生大会通过的《公共卫生、创新和知识产权全球战略和行动计划》也明确指出：“知识产权不会，也不应当妨碍会员国采取措施保护公共卫生”{3}。
三、“南北博弈”：TRIPS协定修订的艰难历程
作为由发达国家积极主导、发展中国家被动接受的制度安排，TRIPS协定更多地顾及和参照了发达国家的要求和做法，忽视了发展中国家实施高标准知识产权保护在人力、财力和技术上存在的困难。一定程度上引发并恶化了发展中国家，特别是最不发达国家的严重公共健康危机等许多社会问题，TRIPS协定与公共健康的冲突成为南北矛盾的焦点之一。为解决日益严重的公共健康危机，发展中成员，特别是最不发达成员与发达成员进行了长达4年的艰苦曲折谈判，最终于2005年12月通过了《关于修正TRIPS协定的决定》，这是WTO多哈回合迄今取得的惟一实质性成果。
