其次，现行政策难以保证所供土地符合公共租赁住房用地的质量要求。《指导意见》规定，新建公共租赁住房以配建为主，也可以相对集中建设。要科学规划，合理布局，尽可能安排在交通便利、公共设施较为齐全的区域，同步做好小区内外市政配套设施建设。在外来务工人员集中的开发区和工业园区，市、县人民政府应当按照集约用地的原则，统筹规划，引导各类投资主体建设公共租赁住房，面向用工单位或园区就业人员出租。但是，这些规定只具有指导意义。在实际操作中，地方政府在“土地财政”的诱导下或是由于信息不充分、不真实等原因，常常造成公共租赁住房选址偏远、布局不合理，不仅加重城市交通与环保压力，而且增加承租者工作和生活的交通成本，最后甚至被“弃租”。
再次，现行政策不利于降低公共租赁住房建设成本。《指导意见》规定，面向经济适用住房对象供应的公共租赁住房，建设用地实行划拨供应。其他方式投资的公共租赁住房，建设用地可以采用出让、租赁或作价入股等方式有偿使用。可以预见，公共租赁住房是我国今后住房保障体系中的一个重要组成部分，提供政策支持、力所能及降低建设成本是各级政府的责任。但是按照当前政策，公共租赁住房建设用地采用划拨和有偿使用相结合的方式，自然提高了公共租赁住房建设的成本，这部分成本不仅会以租金形式加重承租者负担，而且由于面向经济适用住房以外群体的公共租赁住房建设土地成本仍然很高，降低了公共租赁住房的利润，不利于社会投资公共租赁住房建设。
最后，土地分类供应政策在实践中难以有效付诸实施。按照规定，公共租赁住房用地要按供应对象类别实行无偿划拨或有偿使用。但在实践中，公共租赁住房的供应对象是中等以下收入无房群体，在设计规划时很难确定将来的承租对象类别。如果建设规划时首先确定各种群体承租比例，在配租时对承租群体分类控制，会大大增加操作难度，造成不必要的成本浪费。
(三)建设运营问题
对于公共租赁住房的建设运营，《指导意见》规定，充分调动各类企业和其他机构投资经营公共租赁住房的积极性。这表明公共租赁住房可以由政府建设经营、也可以由其他机构建设经营。目前我国各地方对公共租赁住房的建设运营规定差异较大，一些地方规定由企业建设经营公共租赁住房，如天津、上海，还有一些地方规定只由政府建设经营公共租赁住房，如北京、重庆，不一而终。对此，笔者认为公共租赁住房由政府建设运营弊端甚多：
首先，容易受到政府低效的影响。房屋的建设和管理属于经济活动，需要高效的市场化建设运营管理模式。我国政府机构庞大，行政部门重叠，行政程序复杂，在计划经济体制下形成的命令式的管理模式依然存在，国家行政投入和产出的比例严重失调，在这种情况下由住房保障部门或政府另外组建机构进行公共租赁住房建设，进行公共租赁住房的日常运营工作，如公共租赁住房的租金收取、房屋维护、住房安全检查、对物业服务公司工作进行指导监督等，会造成公共租赁住房建设运营效率不高、服务水平低下、甚至导致公共租赁住房最后沦为贫民窟。
其次，容易受到政府信息不对称的影响。市场供求关系和价格机制可以促使市场双方信息对称，最后为买方提供符合需求的商品。而国家建设运营公共租赁住房是出于政治原因，不以营利为目的，不受到市场供求关系的调控，《指导意见》和各地具体实施意见中虽然有关于公共租赁住房的选址、设计、装修、物业服务等方面相关规定，但这只是一种指导性的规定，在实践中容易因政府信息不周全、不真实，或是忽视群众意见导致公共租赁住房建设和运营不符合需求，甚至被“弃租”。
最后，容易为权力寻租提供条件。由于公共工程中政府既作为公共利益的代表，充当裁判者，又直接参与经济活动，所以公共工程中一直都存在严重的权力寻租现象。公共租赁住房建设耗资巨大，由政府建设运营公共租赁住房，其招标投标、政府采购等环节都可能为权力寻租创造空间，滋生腐败，造成公共租赁住房质量低下、成本过高、重复建设、国家资金大量流失等严重问题。
(四)租金标准问题
《指导意见》规定，公共租赁住房租金水平，由市、县人民政府统筹考虑住房市场租金水平和供应对象的支付能力等因素合理确定，并按年度实行动态调整。符合廉租住房保障条件的家庭承租公共租赁住房的，可以申请廉租住房租赁补贴。目前有少部分地区采用公共租赁住房以市场价格出租，对承租对象发放租房补贴的形式，如天津、厦门，大部分地区的具体实施意见都规定公共租赁住房以“低于”市场价格配租，以此体现公共租赁住房的保障作用。如上海规定：按略低于市场租金水平，确定公共租赁住房的租赁价格，具体由各运营机构按规定制定，报住房所在地的区(县)物价部门和房管部门备案；2010年7月北京首次公布公租房项目的成本租金比市场租金低12%—35%；重庆公租房租金只有市场价的60%。但是，这种明显低于市场水平的租金标准也会带来相应的问题或后果：
