在国家财政划拨方面，2011年政府工作报告提出：住房保障方面，中央财政预算拟安排补助资金1030亿元，比上年增加265亿元[4]，根据住建部关于保障性住房建设资金分配方案，这部分国家投资将主要投入廉租住房和公共租赁住房建设。
对于地方财政支出，国家要求地方政府将保障性安居工程建设资金纳入本级财政预算，在财政预算中列支。由于地方财政主要来自土地出让金，因此国家要求地方政府必须将土地出让净收益的不低于10%投入保障性住房建设。2010年全国土地出让收益累计达2．7万亿元。如果按其中30%－40%为净收益计算，保守估计约近1万亿元，也就是说，有1000亿元土地出让净收益可以投入保障房建设[5]。
对于住房公积金，2007年国务院第24号文件明确要求，各地公积金增值收益扣除风险准备金等费用外，要全部用于廉租住房建设。2010年全国公积金增值净收益，用于廉租住房建设的有50多亿，预计今年会有进一步提升[3]。另外，2009年10月住建部等七部委发布《关于利用住房公积金贷款支持保障性住房建设试点工作的实施意见》，随后确定北京、天津、重庆、唐山等28个城市为试点城市[6]。这方面资金去年有400多亿，预计今年和去年相似[3]。但是，因公积金属于缴存职工个人所有，所以必须优先保障缴存职工的权益，加之社会对于公积金参与公共租赁住房建设的颇多疑虑，公积金再加强支持力度的空间有限。
在银行贷款方面，由于保障房建设资金回收周期长，利润空间小，并且存在一定的资金偿还风险，所以银行对此热情不高，发放贷款基本上是政策原因。目前住建部正在研究制定金融机构支持保障性安居工程建设特别是公共租赁住房建设的中长期贷款政策，拟通过政府补助、注入资本金或者贴息，然后再通过商业银行贷款，提高融资能力[3]。
就社会融资而言，国家一直鼓励社会资金参与保障房建设，尤其是鼓励参与公共租赁住房建设。无论是《指导意见》，还是国家其他有关保障性住房的文件和地方公共租赁住房管理文件，都有吸引社会资金投入的相关规定。但因公共租赁住房投资回报率低等原因，所以目前各类资金对公共租赁住房建设大都处于观望状态，参与投资的基本上都是有国资背景的投资集团。
综上所述，我们不难发现公共租赁住房建设资金面临的困难和问题：一是资金缺口巨大，政府财政负担沉重。2011年廉租住房和公共租赁住房建设所需资金巨大，除国家财政划拨、土地出让金和住房公积金这三种确定来源外，还有约2500亿的资金缺口。如果银行贷款和社会融资积极性仍旧不高，大部分资金将只能由地方政府负担，可能会造成部分地方财政不堪重负，以致不能完成公共租赁住房的建设任务，或者造成财政过分倾斜于公共租赁住房建设，影响政府履行其他职能的后果。二是政府资金利用效率低下。在目前的公共租赁住房政策环境下，政府资金投入主导公共租赁住房建设，不动产建设资金投入巨大、周转率低，可能影响国家其他职能的资金投入，不利于国家经济社会的全面协调发展。三是公共租赁住房建设缺乏长期稳定的资金来源。1000万套保障性住房仅是我国保障性住房发展的一个开端，还远不能满足需求。为此，我国将在“十二五”期间新建保障性住房3600万套，以公共租赁住房和廉租住房为主[7]。因此，以提供租赁住房方式解决中低收入群体住房困难问题不是一种临时性对策，而是一种持续性的政策安排，公共租赁住房的建设、维护、退出等都将是一个长期持续的过程，需要长期稳定的资金来源。而我国现有的公共租赁住房建设的资金来源，无论是国家政策性划拨，还是国家政策性贷款，受政策不稳定性的影响是严重的，缺乏公共租赁住房建设运营稳定资金来源的保障制度。
(二)土地供应问题
首先，现行政策难以保证公共租赁住房建设用地的足量供应。《指导意见》规定，各地要把公共租赁住房建设用地纳入年度土地供应计划，予以重点保障。2010年3月国土资源部发布《关于加强房地产用地供应和监管有关问题的通知》，规定保障性住房、棚户改造和自住性中小套型商品房建房用地，不低于住房建设用地供应总量的70%[8]。但是，我国住房建设用地资源紧张，保障性住房建设用地过多会对商品房建设用地形成“挤出”效应，危害地方“土地财政”，在利益博弈下，难以保证地方政府对以上公共租赁住房土地供应政策的实施力度。
