在依职权启动程序下的行政调查，其所要查清的是为保证依法作出正确行政决定而应当具备的所有相关法律事实，比如在行政处罚过程中，就要通过调查活动查清行政相对人是否违反以及如何违反相关法定行政管理秩序的全部事实，以保证在所查明事实情况下作出不给予处罚、免予处罚、给予处罚及给予何种处罚或者依法移交司法机关等决定。在这里，行政机关承担着对已经立案后的所有事实予以查明的责任，其不仅要依赖对当事人、利害关系人的调查，还要依赖对其他知情人的调查，以及对许多与该案件有关物品、场所等的收集调查。行政机关依职权启动程序进行调查和作出决定本身的主动性，也恰恰是其应当主动查清事实的职责性体现。
在依申请启动程序下的行政调查，其所要查清的事实是申请人所提交的材料及其所反映和要证明的事实是否符合法定条件要求，以便依据法律规范的规定作出批准或者不批准的处理决定。在这里，申请人承担着提供相关法定条件所要求的材料并证明自己符合这些条件的义务，在此情形下，行政机关负责对这些材料的审查和核实，只是针对当事人、利害关系人来审核所提交材料的真实合法性以及是否符合法定条件要求，其既无职权也无职责在所提交材料外就当事人是否还具备法定条件的事实进行全面调查或者予以查清。可以说，在依申请启动程序下其本身的被动性，使得行政调查不仅受到范围上的严格限制，而且就审核以外的其它调查方式能否适用也是受到严格限制的，甚至是否适用严格意义上的调查程序也并非必须进行的活动。
（三）各种不同调查方式与手段下的程序规范问题
首先是令状制度的设定与适用条件问题。目前有关令状制度的规定散见于有关专业性单行法律制度中，如海关法、税收征管法、治安管理处罚法等，而这些法律制度中将相关令状决定权都赋予给了行政机关及其负责人。但由于缺乏统一的《行政程序法》，则没有像行政强制执行那样以申请法院执行为原则和以行政机关自行执行为例外的签证执行权启动与行使模式，因而也就没有形成一般情形下的令状决定权与例外情形下的令状决定权及其机制模式。[4]
其次是行政调查的一般方式与特别方式的设定及其适用规则问题。这一点，就连《湖南省行政程序规定》也缺乏明确规定。有关行政调查的一般方式，也就是所有行政机关在履行调查职责过程都能够实施的调查行为及其手段，其实这也是行政机关履行调查职责所必须具有的体现调查职能的最基础的方式，如询问、登记保存等。而特别行政调查方式，是行政机关在实施调查活动时能够对被调查人财产、特定活动场所甚至行为自由、个人隐私、人身等采取一定影响或者限制措施的方式。对于一般调查方式和特别调查方式的设定，应当按照《立法法》规定的原则及其要求进行，并就其应当遵守的程序规则作出明确规定。
