从理论上看，没有必要将承诺程序的启动方式限定为经营者申请，既然是一种和解程序，和解双方都应具有程序启动权。经营者当然可以主动作出承诺并提出申请，在经营者未申请时，如果执法机关认为适用承诺程序有助于案件解决，自然也可以向经营者提出相关建议。
2．先决条件规定不明
有些国家反垄断法对承诺程序的适用规定了先决条件，例如要求反垄断执法机关经过必要的调查、掌握初步证据。欧共体的做法是，如果委员会发现企业行为可能涉嫌违法，会对企业行为作出“初步评估”（preliminary assessment），实践中表现为向企业发出一份“异议声明”（statement of objections）。只有在异议声明发出之后，企业作出的承诺才可能被委员会接受并据此作出承诺决定。[8]我国台湾地区甚至要求只有在执法调查难以查清案件时才可适用和解程序。[9]
我国经营者承诺程序在适用时是否有类似要求，相关法律未明确规定，但《反垄断法》规定，经营者承诺程序的适用对象是“反垄断执法机构调查的涉嫌垄断行为”，工商局及发改委《程序规定》也指出，经营者在“被调查期间”可提出中止调查申请。从这些规定看，执法机关的调查程序应当在前，经营者的承诺应当在后。这是否意味着，经营者作出承诺及反垄断执法机关接受承诺，均以反垄断执法调查程序已经启动为条件？如果是，调查活动又应达到何种程度？从现行法律规定看，这些内容仍较模糊。
3．适用范围限定不清
我国《反垄断法》没有限制承诺程序适用的案件范围，只规定对执法机关调查的“涉嫌垄断行为”，经营者可作出承诺。按照这一规定，似乎所有的垄断行为都应可以适用承诺程序，但不论从理论还是其他国家实践看，承诺程序的适用范围都应当是有所限制的。
我国《反垄断法》规制的垄断行为有四种，除了三大传统垄断行为之外，还有较为特殊的一类，即“滥用行政权力排除、限制竞争行为”。从现行法律规定看，既然是“经营者”承诺，则滥用行政权力排除、限制竞争行为似乎不能适用承诺程序。一个现实是，国家工商局在颁布前述《程序规定》同时，也颁布了《工商行政管理机关制止滥用行政权力排除、限制竞争行为程序规定》，后一个程序规定中却只字未提承诺程序。在两个规定由同一主体且同时颁布的这一背景下，对承诺程序规定的截然不同，应理解为滥用行政权力排除、限制竞争行为是不能适用承诺程序的。但在理论上，这种认定是否正确呢？
在经营者承诺程序的适用范围上，还有一个问题，即承诺程序的适用有没有具体的案件范围限制。对这个问题，大多国家采用适度限制的模式，将违法性明显或重大、复杂的案件作为承诺适用的例外，而我国立法却未见相关规定。
（三）承诺程序适用中的不足
1．是否要求经营者承认违法不得而知
从其他国家立法与实践看，反垄断执法和解程序的适用，一般不对市场主体的行为是否违法作出认定。这样做的目的是避免经营者在日后的损害赔偿诉讼中处于被动地位，这是市场主体乐意接受和解程序的最重要原因。从字面意义看，我国《反垄断法》也未明确要求经营者作出承诺时承认行为违法，但实践中却产生了不一致的认定及理解。
《反垄断法》刚一出台，全国人大常委会法制工作委员会在编写条文说明时就明确指出：“经营者的承诺，虽然是由于经营者从事了被调查的涉嫌垄断行为，但是，该行为是否真的构成垄断，此时并无定论，因为该问题已被承诺双方搁置起来。因此，经营者的承诺不得作为反垄断执法机构证明经营者从事了垄断行为的证据。[10]但是，工商局及发改委的《程序规定》却存在模糊之处。根据工商局《程序规定》第十六条、发改委《程序规定》第十五条，经营者申请中止调查时，申请书首先应载明的内容就是“涉嫌违法的事实及可能造成的影响”或“涉嫌垄断的事实”。这就意味着，经营者要想获得中止调查的利益，就必须向执法机关说明自己的行为可能涉嫌违法或涉嫌垄断。工商局《程序规定》第十七条又规定，对经营者的申请，工商行政管理机关应在考虑行为性质、持续时间、后果及社会影响等具体情况后决定是否中止调查。这里又将“行为性质”作为中止调查决定应否作出的判断因素之一。
