第四，商业秘密与国家秘密的保护有本质的差别。对国家秘密的保护有专业国家机构负责并指导各单位的保密工作。国家机关依职权对国家秘密的保护，是具有直接性和绝对性的。而商业秘密归根结底是一种民事权利，国家对商业秘密的行政保护和刑事保护是出于对市场经济正常秩序的维护，保护的核心是维护国家政策的执行和市场经济秩序正常运行，而非直接出于对私权的保护；而且其保护方式并非弥补受害者的损失，仅是对加害人给予额外惩罚。对于保护范围，需要达到行政法规和刑事法律的相应规定才能获得保护，并非所有侵犯商业秘密的行为都要受到行政或刑事处罚。因此这种对商业秘密的保护具有间接性和相对性。
三、商业秘密与国家秘密的区分
国有企业及企业集团存在大量关系国家经济安全的特殊商业秘密。在我国社会主义市场经济条件下，国有企业及企业集团所产生的商业秘密中客观存在一类具有特殊属性的企业经营秘密和技术秘密。这类特殊的商业秘密，就其单个事项来说似乎不涉及国家经济利益，但是就其“集合”而言又与国家经济利益息息相关，具有维系国家经济安全的特殊情报价值。譬如关系我国地方经济发展战略的各类商业秘密、关系我国国际市场竞争优势的各类商业秘密、关系保护国有无形资产的各类商业秘密等等。这些特殊的商业秘密，有的事关地方经济发展的大局，有的事关国际市场竞争的成败，还有的事关国有企业的存亡。也正是由于这个原因，经济间谍们才会把这些具有特殊情报价值的商业秘密作为情报窃取的重要目标。
首先，商业秘密与国家秘密区分，要打破传统观念，避免笼统模糊地将涉及国家安全和利益的概念过分扩张。应当严格理解国家秘密的含义。对于《保守国家秘密法》第9条中“（四）国民经济和社会发展中的秘密事项；（五）科学技术中的秘密事项；……（七）经国家保密行政管理部门确定的其他秘密事项”，以及《保守国家秘密法实施办法》第4条规定的，某一事项泄露后会造成“（三）损害国家在对外活动中的政治、经济利益；……（七）削弱国家的经济、科技实力的后果的”，应当列入国家秘密。这五项内容在与商业秘密进行区分辨别时是较容易发生混淆的，因此对于这几项国家秘密范围的确定应当严格区分国家行为和企业行为。通过国家指令行为、授权行为等在企业中产生的秘密才能认定为国家秘密，并须按《保守国家秘密法》定级保密。
