1.取证技术问题
目前，我国刑事司法机关的科技配置状况严重不平衡。许多地方刑事司法机关依旧缺乏具有专业资格认证的取证人员以及拥有自主知识产权的取证工具。一些电子数据稍纵即逝，通过层层上报再予以收集可能导致部分侦查线索被白白浪费。一些单位和机构的数据信息系统严重老化，系统口令、文件密码不规范，甚至存在人为障碍；一些地位和机构的数据信息系统远远超越当地刑事司法机关科技配置以及办案人员的取证能力。尤其是在涉及跨境、跨地区的网络犯罪中，许多地方刑事司法机关不得不基于取证技术等原因拒绝立案或者将案件转移管辖。取证技术的“瓶颈”对电子数据在刑事诉讼中的运用有着极其严重的消极影响。可以说，科技配置的缺失或者不达标，将直接制约电子数据取证过程的及时性、专业性和规范性。
2.审查规则问题
目前，我国刑事司法机关在证据审查中基本上以“依法、全面、客观”为原则并主要审查以下内容：证据与本案事实是否相关；证据的形式、来源是否符合法律规定；证据的内容是否真实。这一适用于所有证据材料的审查原则在科技证据中效果如何？应当说，在一些命案中，罪犯为干扰办案故意伪造电子数据，如利用被害人的手机发送一些“外出旅行”、“出家为尼”、“抑郁自杀”等短信、微博。对于这类误导性电子数据，侦查机关结合其他证据一般能够识别。但是，这一审查原则往往很难应付电子数据在各类案件中的“复杂情形”。《草案》没有注意到，在一些案件中，电子数据很容易被人为伪造、篡改或因为环境、技术因素出错：在电子电子数据生成、存储、传输的程序中，由于非法入侵（包括植入病毒）、非法控制、非法操作等因素，出现被剪接、删改、替换、添加等情形；高温、高压、静电、电磁等物理环境也可能使电子数据失真；在一些经济犯罪类案件中，往往涉及数量庞大、类型复杂的电子数据。在收集和审查电子数据时如何防止栽赃嫁祸，许多办案人员在“与专业相去甚远”的科学知识和技术问题上不知所措。在实践中，由于缺乏特殊的、细致的、可操作的规则和标准，刑事司法机关往往依赖各自部门技术人员、个别“权威专家”，或者根据自己的生活经验，当判断意见发生冲突时，往往根据机构的级别、专家的声望等进行裁量。这实际上增加了任意的因素和不确定性的风险。
（三）录音录像：真能防止刑讯逼供吗
《草案》关于录音录像的规定，有人认为可以使刑讯逼供“见光死”，有人认为，这是一个“花瓶式立法”——好看不中用。果真如此吗？
1. 选择性录制问题
在我国，有实证研究表明，对警察讯问的录音录像有如下积极意义：可以把侦查讯问活动置于监督之下，查看有无刑讯逼供；可以促进办案人员提高侦查讯问水平，逐步消除口供主义的影响；可以证明讯问过程的合法性，固定犯罪嫌疑人的供述，避免翻供。[23]但是，一旦警察进行选择性的录音录像呢？如何才能判断录音录像是 “半程”还是“全程”？《草案》的“预设模式”在实施起来有两个障碍：一是羁押场所限制。当前，看守所等羁押场所隶属公安系统。也就是说，我国侦查机关可以单方面控制或影响讯问犯罪嫌疑人的场所。二是到案讯问问题。在多数刑事案件中，侦查机关在将犯罪嫌疑人交付看守所之前，往往在路途、在侦查机关所在场所进行到案讯问。《草案》对此没有作出重大调整或禁止性规定。也就是说，在办案人员的现有能力范围内，一旦有程序违法的欲望或诉求，是很容易进行选择性录制的。
来自比较法上的研究表明，警察在规避录音录像上的“冲动”和“几率”是不可忽视的。即使在法制化程度较高的英国，实证研究表明，录像也并不能有效防止警察在讯问前和讯问后在“摄像机拍不到的地方”对付犯罪嫌疑人；[24]在接受采访的警察中，有71%承认他们有时、经常或总是和犯罪嫌疑人在录像前预演，然后在会见中简单询问犯罪嫌疑人，以重申它在预演中的供述；[25]在400份讯问录像样本中，有36%被归类为“不是很好地进行”或“进行得不好”，而且多是说服犯罪嫌疑人“同意”有罪。[26]这对我国的启示在于，要落实录音录像的法律功能，《草案》还有待进一步修正，防止其被规避。
2.侦查人员出庭说明情况问题
从《草案》规定来看，法庭审理过程中对证据合法性有质疑的，有关侦查人员应出庭说明情况。在预防刑讯逼供上，许多人质疑这是一个“不完全的立法”。一般而言，违法录音录像的背后往往存在刑讯逼供等问题，对相应的视频资料的评价问题就显得异常重要。对于视频资料的录制是否合法，是否存在选择性录制等问题的裁判和制裁机制，《草案》规定的内容略显粗糙。侦查人员出庭究竟应说明什么样的情况，一旦不能说明，将面临怎样的程序后果？虽然《草案》在非法收集的“物证、书证”上明确了有限排除规则，但没有将“视频资料”明确列明其中。这些都将影响侦查人员出庭说明情况的效果。
