（二）司法适用中的问题和悖难
以上分析可知，我国刑事诉讼法在立法层面对在不同诉讼阶段刑事证明标准的适用规定确实体现出了一定的层次性和合理性的，但是，我国现行刑诉法设置的这一层次并没有与学理逻辑和司法实践做到了完全符合和统一，当前的问题就是：第一，从立法语言的角度来看，我国有法可依的刑事证明标准实际上就仅是“案件事实清楚，证据确实充分”这12个字，刑事诉讼法立法规定过于笼统而不够精确清晰。第二，从法律解释学的角度来看，学界及我们在前文中对于从立案到审判的诉讼阶段刑事证明标准适用的分析，实际上都是属于一种学理解释，即无权解释，呼吁和亟待立法或司法的有权解释对证明标准适用的规范明确和指导完善。第三，从法律逻辑学的角度来看，对应于我国司法程序中的立案—移送审查—提起公诉—有罪判决四个阶段，当前的刑事证明标准实质上是一个低—高—较低—最高的走向和模式。由此可以看出，我国当前诉讼法规定的刑事证明标准忽高忽低，逻辑不一，并没有完全呈现出一个连贯递进的统一评价标准和顺序，层次混乱。
我们认为，当前立案和审判的刑事证明标准是合理的，问题的关键就是出在“低”和“最高”中间的这个“高”和“较低”上，我们倡导一种自始至终由低到高的统一的递进式的逻辑层次。这里存在两个隐藏的逻辑陷阱和悖难：（1）在移送审查阶段对公安机关的刑事证明标准过高。“应当”“犯罪事实清楚，证据确实充分”的绝对客观主义标准，实质上隐藏的逻辑前提是公安机关在刑事证明中肯定绝对不会犯错，这显然不甚科学，有待完善立法规定。（2）在提起公诉阶段对检察机关的刑事证明标准形同虚设。刑诉法第129条所规定的“应当”显然应当是包含了应然和实然的双重含义，因为刑诉是指导实践的程序法，如果其没有在现实中的实然的效果，那就是对法条的不尊重。那么在此情况下，作为移送审查司法后继程序的提起公诉，就面临着一个逻辑悖难，即公安机关在“应当”之下的刑事证明标准规制下，已经几乎将这一案件侦查和确认办成了客观性的“铁案”，那么，检察机关又应当在其中充当如何角色呢？刑诉法第141条规定的提起公诉的刑事证明标准是人民检察院主观性的“认为”，我们知道，主观来源于客观，物质决定意识，刑诉法中第141条跟随衔接第129条的隐含的逻辑前提和陷阱就是，检察机关必然要认同公安机关移送的案件。申言之，如果依据现行法条规定的提起公诉的刑事证明标准，则检察机关应当对于公安机关移送的案件“凡移送必起诉”，这显然也是与司法事实和适用现实不符合的，其出路仍在于完善立法。
（三）司法实践中不同诉讼阶段对证明标准的适用情况
不管立法规定与表述如何，司法机关在证明标准适用过程中，还是遵循渐进性的认识规律，体现了证明标准的层次性。如据资料显示，广州市天河区人民检察院在2007-2008年，共受理了公安机关批捕案件3064件4326人（2003-2008年的数据为10120件13987人），批准逮捕犯罪嫌疑人2920件4091人（2003－2008年的数据为9701件13276人）；受理公安机关移送审查起诉案件3514件5022人（2003-2008年的数据为11065件14536人），提起公诉案件3124件4396人（2003-2008年的数据为10097件13552人），批捕、公诉案件在法定期限内审结率为100%，起诉后有罪判决率为100%。对以上数据分析可知，对于公安机关移送审查的刑事案件起诉率，该院2003-2008年五年平均起诉率为91.25% , 2003-2006年三年平均起诉率为92.35%，而近两年的（2007-2008年）的年均起诉率则为88.90%。众所周知，起诉率的相对降低也就意味着对于公安机关移送案件不起诉率的逐年相对提高，这一数据分别为8.75%、 7.65％和11.10%，检察机关在起诉阶段对于证据审查要求的加强和刑事证明标准适用的事实提高，相对于公安机关来说，检察机关还是起到了应有的对案件过滤和把关更加严格的工作标准和业务要求的作用，体现出了主客观相统一下证明标准衔接性的深化和递进。
