2.内部分割的弊端。
由于四个机构具有独立的侦查职能，分别拥有自己的一套队伍，相互不存在隶属关系，在行使各自侦查权时，力量分散，容易造成不利后果：第一，不利于打击职务犯罪。如何有效打击、惩治职务犯罪，已成为党和国家面临的头等问题。最近几年，打击职务犯罪尽管已取得了巨大成就，但是，仍然有相当多的犯罪分子逍遥法外，引起公众的不满，究其原因，侦查部门分割，力量分散，遇到问题时，互相推诿，贻误战机等侦查体制存在的问题已成为检察机关改革的重要课题。第二，浪费了十分有限的司法资源。我国司法资源有限，对检察机关的投入比较薄弱，职务犯罪侦查能力就先天不足。同时检察机关还承担法律监督、公诉、批捕等任务，这也会对侦查职能产生影响。在此种情况下侦查机构的分割，各自为战，不利于资源合理利用，增加了办案成本。第三，不利于提高侦查专业化水平。侦查机构多元，职能的分散，侦查人员庞杂，侦查“专业化”水平低，办案质量难以保证。
（二）侦查权的外部分割
在司法实践中，我国职务犯罪的主体和违纪主体之间存在着大量的交叉重合。尽管在理论上，法律和政策对一般腐败问题和职务犯罪的分工规定较明确。[28]但是纪检、监察和检察机关之间会出现职能的交叉混合，导致检察院的侦查权受到外部分割。
1.纪检、监察措施代替侦查措施。
按照现行法律规定，公务人员的违法违纪以及犯罪的线索，纪检、监察和检察院均有权力受理。实践中，纪检、监察部门具有处理的优先性。如果按照既定程序进行，这并不构成对检察机关侦查权的冲击，因为如果纪检、监察部门发现犯罪线索，按照法律规定，移送检察机关按照司法程序处理。但是，现实情况往往不是如此，有时移送并没有及时办理。实际操作中，纪检\监察部门往往在查清全部事实后移送。由于纪委在我国反腐败中的领导地位，已经结案的卷宗也就为职务犯罪的侦查划定了范围。纪检、监察的行政措施代替侦查手段。接下来，案件为了符合法定的形式，有些检察机构就按照纪委、监察部门定过的“调子”履行司法程序，重复纪检、监察部门所做的工作。
2.侦查措施与纪检措施混同。
侦查措施与纪检措施的混同主要发生在纪检、监察、检察院三机关联合办案过程中。我国目前已确立了党委统一领导、党政齐抓共管、纪委牵头协调、部门各负其责、人民群众广泛参与的反腐败领导格局和工作机制。纪委集中力量查办比较重要或复杂的案件，同时发挥组织协调作用。可见，纪检部门是查办大要案的牵头协调部门，同时纪检机关查办的违纪违法案件往往成为检察机关查办腐败犯罪案件的重要来源。三家联合办案的形式的格局，是在反腐败工作的实践中逐步形成的，并且在反腐败斗争中取得了丰硕的成果，特别是一些具有全国影响的大案、要案都是在中央纪委的组织协调下，由纪检、监察机关和检察机关密切配合才得以突破的。在这样一种兼有纪律审查程序性质，又有刑事司法程序性质的混合程序中，纪检部门可以凭借检察机关的强制措施增强办案的强度，司法机关以“两规”、“两指”[29]减轻无法律依据的压力。在联合办案的过程中，司法机关的侦查措施和纪检部门的调查，相互借用，相互混同。
