相对于反不正当竞争法来说，反垄断法的目的主要是保护竞争机制本身不受扭曲，竞争不被排除或限制，防止竞争不足，维护宏观的竞争秩序，侧重追求整体和宏观的效率，实现动态的交易安全。相应地，反垄断法主要是事前规制，如调查市场结构、审查经营者集中、核准某些卡特尔等，偏重行政手段，如罚款、在特定情形下分拆大企业等 ,主要依靠行政程序和公诉 ,辅以民事制裁和刑事制裁手段[21]，并且其在实施中需要进行复杂的经济分析。因此，反垄断法对经济的影响更为重大、更为宏观 ,并且其具有明 显的国家干预性、社会本位性和经济政策性等特征 ,非常典型地体现了经济法的特点。
反垄断法也与知识产权有着密切的联系。知识产权的基本特点之一即是其专有性或垄断性，其在本质上是法律赋予的一种合法垄断；而反垄断法的基本使命就是反对垄断，保护自由公平的竞争，但同 时也有例外，而且，一般说来，知识产权就是属于这种例外中的一种情形。因此，两者之间的关系比较复杂，它们既具有某些方面的一致性，又可能存在潜在的冲突。
一方面 ,知识产权法与反垄断法在基本目标与功能上具有一致性，拥有和正当行使知识产权的行为 不存在违反反垄断法的问题。首先，知识产权法与反垄断法均具有促进竞争和推动创新的目标与功能。反垄断法的基本目标是反对垄断，维护市场的自由公平竞争， 以维护经济活力，这就要求并保障经营者之间开展正常的竞争以寻求新的创新之路，为创新提供压力 ,同时防止取得支配地位的企业损害和阻碍创新；而知识产权法通过授予重要但有期限的市场支配力（垄断力）来奖酬在创新上的投资，为创新提供动力，同时维护公平的市场竞争秩序。有人用比喻来形象地说明反垄断法与知识产权法在鼓励创新方面的殊途同归：反垄断法用竞争性市场的“大棒”（即不创新的企业就要遭淘汰）来促进鼓励初始创新的市场结构；知识产权法则用有限专有性及由此获得的利益的“胡萝卜”来鼓励初始创新。反垄断法通 过保护在专有性的知识产权以外的竞争机会来促使后续创新 ,知识产权法则通过要求初始创新的公开（至少对专利而言）以及为后续创新者提供“合理使用 ”和不受知识产权“滥用”的权利来促使后续创新。[22]“强大的知识产权与有力的反托拉斯政策在促进创新的共同目的上是同一枚硬币的两面。”[23]其次，知识产权法与反垄断法均具有保护消费者利益的目的和功能。反垄断法通过保护和鼓励竞争来保 护和实现消费者的福利 ,这是其最基本的目标和功能；知识产权法不仅通过鼓励创新、促进经济发展在总体上增加消费者福利 ,而且通过对具体市场上的假冒等侵犯知识产权行为的制止和制裁来使消费者 免遭交易中的损害，这也可以达到保护消费者的目的。因此 ,虽然主要作为私法的知识产权法和主要作为公法的反垄断法对竞争的关注与调整的角度和方式不同，但是它们在促进竞争、推动创新和保护消费 者方面存在着一致性 ,可谓殊途同归。美国司法部和联邦贸易委员会 2007年的《反托拉斯执法与知识产权：促进创新和竞争》的报告在前言中指出：经过近几十年的司法实践，反托拉斯执法机构与法院已认 识到知识产权法与反托拉斯法拥有共同的基本目标，即改善消费者福利和促进创新。知识产权法和反托拉斯法前后相继地（in tandem）共同发挥作用，以更低的价格带给消费者更新、更好的技术、产品和服 务。两者是具有互补功能的法律机制，共同发挥作用以给消费者带来创新：反托拉斯法保护市场中的活跃的竞争，而知识产权法保护对创新的投资可以获取回报。两者均刺激竞争对手之间展开竞争，争相成为消费者所期待的技术、产品或服务之市场的最新进入者。正是基于这种一致性，反垄断法就要尊重和保护拥有和正当行使知识产权的行为，这时知识产权对竞争的某种限制就应当视为国家实施知识产权制度以鼓励创新的必要代价，应当受到反垄断法的宽容，作为其适用除外。
另一方面 ,知识产权不正当行使行为可能会与反垄断法形成冲突，应当受到反垄断法的规制。仅从表面上看，反垄断法与知识产权法就存在差异，因为反垄断法是反对垄断和保护竞争的，而知识产权法恰恰就是授予和保护某种对竞争进行限制的权利的。“知识产权在本质上是完全的或有一定限制的垄断的创造物。”“相反，竞争政策都是关于自由的，是反垄断的。”[24]虽然这种表面上的不一致并不必然带 来它们实际上的冲突 ,但它确实蕴含着这种冲突的可能性。两者之间的实际冲突不是由于知识产权的拥有本身引起的，而是由于知识产权的具体行使行为引起的，并且是知识产权的不正当行使（滥用）行为引起的，即知识产权权利人在行使其权利的过程中超出了法律允许的范围或者正当的界限，不正当地排除、限制了市场竞争。在这里，区分知识产权的拥有和知识产权的行使以及知识产权的正当行使与不正当行使是非常必要的。知识产权的拥有本身并不必然导致与反垄断法的冲突，而且知识产权的正当行使也不会产生与反垄断法的冲突，然而，知识产权权利人不正当行使其权利，并且排除、限制了市场竞争，就会导致这种冲突。区分知识产权的拥有与知识产权的行使是反垄断法对待知识产权问题的基本原则和逻辑。例如，在美国微软垄断案中，微软公司提出其受到指控的行为是行使其依法获得的知识产权（著作权）的抗辩未被地区法院所接受，法院指出微软受著作权法保护是从来不受怀疑的，但微软将 版权作为非法垄断的手段 ,故须适用反托拉斯法。2004年 3 月欧共体委员会对微软垄断案的处理决定以及2007年 9月欧洲初审法院的判决也表明，微软利用保护知识产权的抗辩同样没有得到欧共体竞争 执法机构和法院的认可。前述美国《反托拉斯执法与知识产权：促进创新和竞争》的报告在前言中同时 指出：尽管反托拉斯法与知识产权法的基本目标一致的观点已获得广泛的认同，但在反托拉斯法适用于涉及产生市场支配力的知识产权的特定行使行为时，就会产生疑难问题。例如，适用于整个行业的制造 标准或治疗特殊疾病的唯一方法包含有专利技术，或在研发、发明、制造或分销不存在良好替代品的产 品或工艺方法的过程中涉及专利技术的许可 ,则在上述情形中疑难问题就会产生。日本公正交易委员会2007年《知识产权利用的反垄断法指南》在序言中则更明确地指出：在知识产权制度下，如果知识产 权权利人拒绝授权其他企业使用技术，或虽授权其他企业使用 ,但对于被许可方的研发、生产、销售或其他任何商业行为进行限制，则技术或产品的竞争就有可能受到损害，当然是否发生损害的结果取决于该拒绝授权或限制（与技术使用有关的限制）发生的具体情形以及权利人采用的具体限制措施。因此，在 适用反垄断法时，要确保技术和产品的竞争不受各种背离知识产权制度目标的限制行为所造成的负面效果的影响，充分发挥其促进竞争的作用，这对于竞争政策来说非常重要。
