1.多数传统医药不符合取得专利的新颖性与创造性条件。所谓新颖性是指申请专利的发明创造未被公知公用，创造性是指该发明与现有技术相比具有突出的实质性特点与显著的进步，各国专利法均要求授予专利的发明创造应当具有新颖性和创造性。而传统医药往往为某个民族、地区或部落的人们所公知并世代使用，在这样一种情况下，该传统医药就不具有新颖性，与现有技术相比不可能具有创造性，不能被授予专利权。例如，在印度“姜黄”和“楝树”专利案中，印度科学和产业研究会、印度科学和工业研究理事会分别运用专利新颖性和创造性要求成功地申请撤销了这两个专利。一个是证明了“姜黄被用作治愈伤口和皮疹已经有数千年之久，因此它的药用用途没有新颖性”，最后美国专利局以该有关姜黄的专利缺乏新颖性为由撤销了该专利。欧洲专利局同样认为：申请人提交的证据表明，印度农业已知悉楝树提取液的真菌效果并将其用于庄稼保护达数个世纪，该“楝树”专利不具有新颖性和创造性，因而撤销该专利。
2.传统医药方法不是专利法的保护对象。传统医药的范围很广，既包括中药制剂、中药处方、药材资源、医疗器械等产品，也包括有关的诊断和治疗方法。但是，由于疾病的诊断与治疗方法是直接以有生命的人体或动物体为实施对象，从人道主义出发，绝大多数国家专利法都将其排除在专利保护范围之外，《TRIPs协议》第27条也明确规定：成员可将人类或动物疾病的诊断、治疗和手术的方法排除在可获专利的范围之外。还有药品本身，许多传统药品属于粗制品，如叶、花、果实、种子、茎、根等部位的全部或粉末，而现有专利制度对粗制草药的保护措施缺乏具体的操作规则。
3.传统医药持有人的集体性与不确定性特点同专利权主体制度的要求不相符合。传统医药是基于传统而产生的医药知识，所谓“基于传统”，按照世界知识产权组织的解释，是指该知识体系、创造、创新与文化表达通常是代代相传，通常被认为属于特殊的人群或地域，并不断地随着环境的变化而发展。[2]由此可知，传统医药的持有人往往是不确定并具有集体性的特点，而专利权的主体应当是确定的，并且是明确的自然人、法人或其他组织。
4.传统医药的持有人往往无力负担数额较大的专利申请费与维持费。许多国家的专利法规定专利申请人应缴纳相应的专利申请费，获得专利权后专利权人有缴纳专利年费（也称专利维持费）的义务。传统医药大多分布在经济不太发达的地区，对其持有人来说，这两笔费用数额较大以至于无力负担。
