第一道审批程序：建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。具体为：省、自治区、直辖市人民政府批准的道路、管线工程和大型基础设施建设项目、国务院批准的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由国务院批准。在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将农用地转为建设用地的，按土地利用年度计划分批次由原批准土地利用总体规划的机关批准。除前述规定以外的建设项目占用土地，涉及农用地转为建设用地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准。
第二道审批程序：土地征收。具体规定为：征收基本农田、基本农田以外的耕地超过三十五公顷的、其他土地超过七十公顷的土地的，由国务院批准；征收前述规定以外的土地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准，并报国务院备案。其中，经国务院批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批；经省、自治区、直辖市人民政府在征地批准权限内批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批，超过征地批准权限的，应当依照规定另行办理征地审批。
第三道程序：建设用地审批。在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准。
曲宇辉在其《收回国有土地使用权有关问题的探讨》一文中认为，《土地管理法》规定的无偿收回土地使用权的审批机关应为建设用地的审批部门，即市、县人民政府，理由为：“农转用”审批是按照土地利用总体规划，将农用地转为建设用地的审批，是土地用途“转类”的审批。“征地’，审批是将集体所有土地征为国有土地的审批，是土地所有权“转权”的审批。这两次审批的共同特点：一是上级政府对下级政府的审批，不是对土地使用者的审批；二是这种“转类”审批和“转权”审批并不涉及土地使用权，不是对土地使用权的审批。而根据《土地管理法》第44条第3款的规定，“转类”和“转权”审批后，还需由人民政府对土地使用者进行具体建设项目用地审批，只有在办理具体建设项目用地审批后，土地使用者才有土地使用权。因此，与土地使用者或者土地使用权有关的审批，是第三次审批，即具体建设项目用地审批。根据上面的分析，由于收回土地使用权的客体是土地使用者，标的物是土地使用权，可以认为，原批准用地的人民政府，应该是指批准具体建设项目用地的人民政府。
但笔者有不同理解。首先，在《土地管理法》第37条中提到有“审批”一词，即“已经办理审批手续的非农业建设占用耕地”，所以在同一条款中若出现相同的表述，从一般的前后意思之间的转承关系理解，该审批应该指的是前面所提到的已办理农转用的审批。其次，在批准收回后，本条又规定了“该幅土地原为农民集体所有的，应当交由原农村集体经济组织恢复耕种”，若指的是建设用地审批，则只是收回建设用地而已，不应该涉及到“转用”及“转权”，但若不推翻“转用”及“转权”，恢复其集体土地性质，则何来“交由原农村集体经济组织恢复耕种”一说？所以笔者理解，本条所指的审批应指条文前面所讲的“非农业建设占用耕地”审批，通过撤销农转用的审批手续，以恢复其集体耕地的性质，以满足本条的立法本意，即“禁止任何单位和个人闲置、荒芜耕地”，也与《基本农田保护条例》的规定相适应。
