围绕立法会立法备案和香港行政长官选任而产生的冲突与香港政党分权机制的缺失有关。香港基本法对政党政治的立场十分矛盾：一方面，香港基本法第23条和《行政长官选举条例》第31条明确限制政党的行为，另一方面，香港基本法保障政党结社，确立普选的民主目标，立法会选举采用比例代表制，鼓励政党政治。由于行政长官必须保持政治中立，香港政党无法成为执政党，立法会遂成为政党必争之地。由于行政长官不得具政党身份，盘踞于立法会的政党不可能与行政长官形成稳定结盟，因此不可能将行政与立法的制约关系转化为立法会中行政长官所在政党与反对党间的制约关系。由于行政长官被认为代表中央，对中央负责，香港立法与行政的分权制衡关系最终简化为香港反对派政党与中央的对抗关系，[18]冲突由此产生。
综上所述，香港基本法实施中的冲突问题，根源于香港基本法中不完善的立宪主义制度安排。释法权引发的冲突源于香港基本法缺失对司法权的有效制衡机制，后两种冲突主要源于香港政党分权制衡机制的缺失。
(二)香港基本法中权力制约机制缺失的深层原因
香港基本法创造性地将普通法和中国法揉合在一起，试图在社会主义的中国容纳资本主义的自由民主制度，以“一国两制”的政策解决香港回归问题。但“两制”的差异造成香港基本法中的“断层”。因此，香港基本法实施中的冲突，还应当以宪政秩序的理论加以分析。
回归前的香港属于西方自由民主宪政秩序的谱系。自由民主宪政秩序以人的尊严及价值为中心且受其拘束，遵循权力分立、司法独立、多党制、政党平等等基本原则。[19]而中国的宪政理念则是一种基于马克思主义理论的宪政认知。在权力制约机制上，全国人大是最高国家权力机关，其他中央国家机关由它产生，对它负责，并受它监督。全国人大监督其他一切国家机关，包括司法机关。在政党政治上，我国实行工人阶级政党全面执掌国家政权，一切国家机关、社会组织乃至个人，均须接受工人阶级政党的领导，”政党主治”是核心原则。[20]这两点上的明显区别，导致香港基本法的内在矛盾。
根据“一国两制”方针政策，香港实行与普通行政区和民族自治地方不同的管治方式。香港不实行内地的政治制度，中央主要依据香港基本法对香港依法管治，执政党不在香港直接执政。为了确保中国对香港的主权统治和执政党对香港的领导，香港基本法设置了行政主导的政治制度，同时规定行政长官由中央政府任命。为防止香港政治为其他政党所操控，以香港基本法为中心的香港法制放弃了政党竞争和政党轮替的原则，限定行政长官必须保持政治中立，并设置种种制度限制政党的政治影响。与之相矛盾的是，香港基本法禁止政党问鼎行政长官的职位，否弃政党轮替原则，但却确立了普选的民主目标。在选举的刺激下，香港政党发展迅速，但只能以立法会为政治参与舞台，无法成为执政党，故一些反对派政党经常挟持民意，[21]扩张立法会的权力，反对政府政策，严重削弱行政主导。
