在1999年的吴嘉玲等诉入境事务处处长一案中，香港终审法院必须解释基本法第22条第4款和24条第2款之(3)，方能作出判决，而第22条第4款属于中央管理事项，其解释对案件判决有影响，终审法院应当提请全国人大常委会作出解释。但香港终审法院声称，法院解释的主要条款第24条第2款之(3)，而非第22条第4款，第24条第2款之(3)并不属于中央人民政府管理的事务或中央和香港关系条款，故无须提请全国人大常委会解释。如若要求终审法院提请全国人大常委会作解释，将会“回收”终审法院对香港基本法的解释权，严重削弱香港的自治。终审法院宣称，只有终审法院才可以确定是否需要提请全国人大常委会进行解释，并且香港法院可以审查香港立法会的立法及全国人大及其常委会的行为是否符合基本法。判决一经公布，全国人大常委会迅即作出回击，运用最终释法权推翻了终审法院的判决。这是中央与香港的第一次正面冲突。随后，双方都采取克制态度，[2]但引发此类冲突的因素并未真正消除。
(二)围绕立法会立法备案的权力冲突
第二类冲突是围绕立法会立法备案产生的冲突，这类冲突的产生与香港日渐形成的政党政治有关。1988年，港英政府决定1991年立法局选举引入直选。自此以后，香港的政治性团体逐渐发展成熟。香港回归后，香港政党加速发展，控制立法会，并被视为香港的民意机关。倘若立法会以绝对多数通过的法律被全国人大常委会发回，立法会可能依仗民意，挑战全国人大常委会的权威，从而导致双方的权力冲突。在香港政府控制法案提案权的情况下，这种冲突更可能以另一种形式出现。为避免由香港政府提出、立法会通过的立法被全国人大常委会发回，香港政府在向立法会提交法案之前，若该法案涉及中央管理的事项或者中央与香港的关系，一般先由中央对法案预先审查。在这种情况下，围绕立法备案的冲突便可能因香港政府获得中央许可的特定法案被香港立法会否决(或变相否决)而形成。2003年，香港政府启动第23条立法程序，但因立法会部分议员坚决反对而撤回23条立法案，引发香港管治危机。
(三)围绕行政长官选任的权力冲突
香港基本法第45条规定，行政长官最终由选举产生并由中央人民政府任命。《行政长官选举条例》第31条规定，行政长官当选者必须声明其不是、也不会成为任何政党的成员。同时，香港基本法规定行政长官可以在一个任期内解散立法会一次，但如果行政长官认为立法会通过的法案不符合香港的整体利益并将法案发回立法会重议，而立法会以不少于全体议员三分之二多数再次通过原案，行政长官必须在一个月内签署公布该法案或解散立法会，倘若重选的立法会仍以全体议员三分之二多数通过所争议的原案，而行政长官仍拒绝签署，那么，行政长官便必须辞职。另外，若立法会拒绝通过财政预算案或其他重要法案[3]而行政长官解散立法会，重选的立法会继续拒绝通过所争议的原案，行政长官必须辞职。基于香港主要政党立场的对立性，上述行政与立法相互制约机制可能被滥用。众所周知，香港存在着以民主党为核心的反对派政党。“香港人民需要民主党，实质上就是需要一个反对党，用以监察、制衡政府，从另一个角度去维护香港和香港人的利益。”[4]这些政党可能利用立法会，与行政长官斗争，借以反对中央的任命权。在立法会和行政长官皆由普选产生之后，最极端的情形是政党操控的选举所产生的行政长官候选人不为中央政府认同，中央人民政府拒绝任命。还可能出现的情形是，在选举产生的多个行政长官候选人中，中央人民政府任命的行政长官未获得立法会多数党的支持，由此可能产生立法会与行政长官间的争斗。在当下，香港立法会对行政长官制约有余，配合不力，行政主导弱化，体现了围绕行政长官选任而产生的冲突。[5]
