（一）根据不同的案件事实选择判决方式
法院对“政府信息不存在”案件进行审理以后，可能出现以下几种情况第一，现有的证据可以表明被告尽到了合理搜索义务，且没有证据证明原告申请的信息存在第二，现有的证据可以表明被告尽到了合理搜索义务，但是庭审中的其他证据证明该政府信息存在曾经存在过或者保存在其他地方第三，被告不能证明其尽到合理搜索义务，没有证据证明原告申请的信息的确存在第四，被告不能证明其尽到合理搜索义务，有其他证据能够证明原告申请的信息的确存在曾经存在过或者保存在其他地方。
针对上述四种不同的情形，法院应作出不同的判决。对于第一种情形，法院应当驳回原告的诉讼请求。值得注意的是，虽然在此情形下，行政机关的答复是正确的，但也不宜作出维持判决。因为行政机关虽尽了检索搜寻义务后认定信息不存在，但也不排除有遗漏的可能，故不宜适用维持判决。对于第二种情形，法院虽然认为行政机关尽了通常应尽的检索义务，但是由于出现了其他证据可以证明该政府信息的确存在过，若该信息已经灭失，行政机关已经不再具备公开的可能性，法院应当判决确认违法若行政机关具有提供该信息的可能性，则应当判决撤销原来的答复，责令重新答复。对于第三种情形，法院应当撤销被告所作的政府信息公开答复，责令被告重新答复。在这种情况下，不排除被告可以再次作出“政府信息不存在”答复的可能性。对于第四种情形，法院应当撤销被告所作的政府信息公开答复，并且在判决理由中表明原告申请的信息是存在的，责令其重新答复。
（二）撤销原有公开答复后的判决
1、直接判令行政机关公开相关政府信息的可行性
在法院撤销行政机关原有的政府信息公开答复以后，对于能否直接判决行政机关公开相关文件的问题，理论界和实务界有不同的观点。有观点认为，为了避免公民陷入反复诉讼的怪圈，如果法院能够判断原告申请公开的信息，属于应该公开的政府信息的话，可以直接判决行政机关公开。但也有观点认为，司法不能侵犯行政机关的首次判断权，在判决中除要求行政机关履行职责外，法院一般无权指明行政机关该如何履行职责。另外，政府信息不予公开的理由不只是一种。法院在庭审中，难以对所有可能不予公开的理由进行审查。所以，法院只能判决行政机关重新答复，而不能直接决定公开相关政府信息。
《政府信息公开司法解释》第9条规定“被告对依法应当公开的政府信息拒绝或者部分拒绝公开的，人民法院应当撤销或者部分撤销被诉不公开决定，并判决被告在一定期限内公开。尚需被告调查、裁量的，判决其在一定期限内重新答复。”据此，行政机关撤销了政府信息公开的决定以后，根据不同情形有两种判决方式如果法院能够判定该政府信息属于应当公开的，则应该直接判令行政机关公开相关政府信息如果还需要被告调查、裁量的，则应判决行政机关重新答复。也就是说，法院采取直接要求公开，还是重新答复要依申请公开的信息是否属于可以公开的信息而定。在对政府信息免于公开的理由尽到了全面审查以后，能够判断属于公开的，则应当责令公开。对需要调查的涉及个人隐私和商业秘密的信息，需要征询第三方意见、裁量的公共利益衡量，则应当判决行政机关重新答复。对“政府信息不存在”的案件而言，经过审查，法院认为被告不能提供证据证明其完成合理检索义务而判决撤销的，由于该政府信息未经法庭审查，对于该政府信息能否公开尚未进行实体审查，笔者认为，一般情况下，法院应当要求行政机关重新答复。
