首先，WTO制度本身有无明确的条文能对RTA项下的反措施行为作出规范和约束呢？答案是否定的。尽管WTO通过GATT第24条、GATS第5条、授权条款等规则，对区域贸易协定给予有条件的认可，但我们并不能武断的认为，允许RTA的建立和存在就当然意味着WTO对RTA所建立的义务实施机制及争端解决机制的一揽子接受。恰恰相反，WTO于1996年成立区域贸易协定委员会（Committee on Regional Trade Agreements，以下简称CRTA）专门负责RTAs审查，以评估RTAs与WTO的整体一致性。尽管囿于多方面的原因，CRTA一直未能提交RTAs整体一致性的审查报告，RTAs与WTO规则的“一致性”问题也就一直处于悬而未决的状态。不过，就本文论题而言，成立CRTA的举措即清晰的表明WTO意图加强对RTAs的监督和管理，对RTAs并非是来者不拒的。因此，并不能援引WTO授权建立RTA的条款来证明RTA项下的反措施在WTO框架下能获得合法性。
其次，在反措施实施机制上，尚无成熟的且获得国际社会公认的一般国际法原则可供WTO争端解决机构援引。即便WTO 本身没有对RTAs项下反措施问题作出评判的依据，但WTO亦有可能通过援引一般国际法原理来判断该反措施的合理合法性。这里涉及到一个前提性的问题：WTO究竟能否适用“非WTO”法？对此，本文并不想过多的陷入争论，仅从WTO 实践角度来看，WTO对一般国际法原则在WTO中的适用和采纳的开放态度早已确立。[10]因此，首先可以肯定的是援引一般国际法原则断案的路径是开放的，接下来，要判断的就是这条路径是否能行的通。对此，笔者也是持有否定观点。传统国际法认为，主权国家是国际关系中的决定性行为体，国家采取反措施即是其保障自身权利实现的固有权利。国际社会所需做的就是将国家对于侵犯其权利行为的单边反映限制在一个较为严格的范围内，即对反措施的采取建立一套包含条件、程序及后果的机制。经过国际法委员会这样高度权威的国际法机构的长期不懈的努力，终于在2001年完成了《国家对国际不法行为的责任条款草案》的二读并提交联合国大会审议。不过，到目前为止，在该议题上尚未形成一致意见。实力大国和中小国家在平衡反措施的合法性和防止其滥用，这两个不同的诉求时还存在激烈的利益冲突。因此，反措施制度本身尚不成熟，在该领域远不足以认为形成了各国公认一般国际法原则。
再次，由WTO争端解决机构来裁判RTAs项下的反措施争议有可能产生不合理的结果。作为WTO的一般例外规则，GATT1994／1947第20条、GATS第14条允许多边贸易体制的成员在特定情形下为维护本国的经济安全而采取减损或免除WTO义务的措施。主张例外的一方，须依次证明其所采取的措施（1）符合例外规则所列情形，并且（2）满足第20 条及第14条序言的要求，即“不在情形相同的国家之间构成任意或不合理歧视的手段，或构成对国际贸易的变相限制”。从WTO的实践来看，以不在例外免责情形范围内的理由主张免责，在WTO框架内是无法得到支持的。墨西哥软饮料案就证明，墨西哥所采取的反措施针对是美国不履行NAFTA项下的义务，而非出于一般例外条款所列免责理由，最终该免责抗辩没有得到专家组的支持。而这样的结果，在笔者看来，却是与公平与正义相悖的。墨西哥是在美国事先违反其一项或多项NAFTA项下义务的情况下，为了迫使美国遵守NAFTA协议而诉诸反措施，其目的是恢复受害国与责任国之间的法律状态，应被认为是当代国际法原则上能接受的法律实施机制。当前，许多现代的RTAs协议内容中包含了许多与贸易无关的义务。例如：要求在进口商品上遵循最低劳工标准。通常，RTAs一方当事国在应对上述劳工标准的违约行为时会引入贸易手段上的反措施，因为贸易政策上的反措施能直接作用于目标国，操作便利，效果明显。从政策角度来看，这种反措施的所要促成的目标与WTO不兼容，后者的宗旨在于促进贸易自由化而非劳工标准的提高。且此时贸易反措施的采取亦无法援引WTO的一般例外规则，很有可能被裁定为违反WTO协议义务。
