总而言之，WTO之外双边或区域性多边协议中的法庭选择条款，从效果上而言是阻止当事国将争端诉诸WTO解决，导致案件在WTO争端机构的不可受理，其本质上不可能改变或侵蚀WTO争端机构依WTO规则而享有的管辖权。恰恰相反，对案件作出不可受理的裁断恰恰是法庭行使其管辖权的结果。从这个角度来看，WTO和RTAs争端解决机构管辖权虽然似乎存在冲突，但其管辖权并不因其他的条约的存在或当事国的约定而被剥夺，换句话说，实际上管辖权的行使主动权仍牢牢掌握在各自手中。管辖权的冲突实际上是一个虚假冲突和伪命题。
二、反措施（counter-measures）
反措施是国际法上一个较新的概念，是国际法实施机制中一个正在形成的制度。国际法委员会在其1979年的国家责任条款草案的报告中第一次使用“关于国际不法行为的反措施”（Counter-measures in respect of an internationally wrongful act）的概念。随后，在经历多次修改和变动后，国际法委员会于2001年第53届会议上二读通过的《国家对国际不法行为的责任条款草案》，第三部分的第二章即确立了反措施制度。其核心内涵是：受害国针对另一责任国的国际不法行为所采取的对应措施，尽管这种反措施违反了受害国原来所承担的国际义务，但也不构成国际不法行为，是“国际法的一种免责实施机制，……其目的在于促使责任国遵守其应负的国际义务。”[7]在目前建立的绝大多数自由贸易区，不论是否有其他有约束力的争端解决机制，都包含有授权报复的内容[8]。作为一种义务实施的强迫机制，此类反措施在RTAs中自可获得免责效果，但它又如何与WTO制度和谐共处呢？
如果我们以反措施制度为出发点，对墨西哥软饮料案进行重新梳理[9]，就会发现墨西哥在提出WTO应克制其管辖权的诉求中，提到一个被忽略但是却很重要的理由：墨西哥明确表示其征收20%税的目的在于报复美国违反NAFTA协议拒绝免税进口墨西哥蔗糖的违约在先行为，意图迫使美国履行NAFTA义务。因此，墨西哥不愿意WTO单独就其税收措施进行审理，并请求专家组拒绝或克制行使管辖权。
尽管在该该案中，墨西哥并未根据一般国际法主张其以NAFTA为据的反措施的合法性，WTO专家组和上诉机构亦未回答WTO是否允许根据一般国际法采取单边贸易措施，但墨西哥提出的这个理由却为我们观察RTA与WTO管辖权冲突提供了一个崭新的视角：根据一个区域性贸易协定的约定，一国针对他国不履行协定义务的行为，在协定允许的范围内采取反措施（counter-measures），尽管该措施表面上与WTO项下该国应承担的义务不符，但却是RTA规则体系下成员国完整而不可分割的内在固有权利，此时甚至无须援引WTO法，仅根据一般国际法原则及RTA协议即可免责。那么单独就该反措施引起的争议而言，WTO是否是一个合适的诉讼场所，WTO是否应当克制其管辖权？如果WTO制度已经或能够对RTA项下的反措施行为作出规范和约束，那么WTO自当有能力管辖，但若WTO制度本身并不涉及或不调整RTA项下反措施行为，那么WTO对该争议行使管辖权不免有越俎代庖之嫌，且很有可能产生不公正的结果。
