二审法院认为，学校依照国家的授权，有权制定校规、校纪，并有权对在校学生进行教学管理和违纪处理，但是制定的校规、校纪和据此进行的教学管理和违纪处理，必须符合法律、法规和规章的规定，必须保护当事人的合法权益。北京科技大学对田永按退学处理，有违法律、法规和规章的规定，是无效的。
（二）评析
由于二审法院的说理采用比较简要抽象的表述肯定了一审判决，因此，笔者对法院审查标准的分析主要针对一审判决进行。
在本案中，被告为“考试作弊”设定了退学的效果。“考试作弊”没有直接作为学位授予的要件在被告的规定中加以设定，被告也没有将这一事由涵摄于《学位条例》规定的要件来决定是否授予学位。“考试作弊”作为影响学籍的要件，从而间接影响学位申请权。 被告则以原告无学籍而否认原告的学位申请权。因此，本案的争议焦点在于被告以学校规定的形式为“考试作弊”的行为设定“一律按退学处理”的效果是否合法。
退学的处分显然涉及原告在北京科技大学受教育的权利，因此，法院先从行为的角度出发进行审查。以《普通高等学校学生管理规定》中关于作弊的要件—效果规范为基准进行审查：在要件方面，北京科技大学的“068号通知”扩大了认定“考试作弊”的范围；在效果方面，对“考试作弊”的处理方法明显重于《规定》的效果规范。随后，法院还从结果的角度出发进行审查，即“按退学处理”的设定与《普通高等学校学生管理规定》第29条关于退学条件的规定相抵触。
在《普通高等学校学生管理规定》中，存在两种形式的退学处理方式：作为处分的勒令退学和不属于处分的按退学处理。勒令退学是该《规定》第62条规定的六种纪律处分之一。该《规定》第63条第1款规定了适用勒令退学的六项事由。从性质上看，这些事由属于治安违法或者严重违反学校纪律的情形。而按退学处理主要由该《规定》第29条所规定。[14]该条第2款明确规定，按本条规定处理的学生，对学生不是一种处分。从该条第1款共十项的规定来看，其事由在性质上可以归结为难以继续完成学业的情形。 在法院的思路中，如果被告“凡考试作弊者，一律按退学处理”的规定及依据这一规定对被告作出的“按退学处理”是一种纪律处分，那么该纪律处分关于要件的设定不能超出法律规范设定的范围，关于效果的设定不能重于法律规范设定的程度。从法律规范的规定来看，其前句“考试作弊者，该课程成绩以零分计，不准正常补考，如确实有悔改表现的，经教务部门批准，在毕业前可给一次补考机会”只是关于能否正常补考和能否进行毕业前补考的规定，显然未涉及对于学籍的处理。因此，该规定后句“考试作弊的，应予以纪律处分”是指不重于勒令退学和开除学籍的纪律处分。
法院首先承认高等学校的教育自主权，认可高等学校以规定的形式对学生的权益进行设定，并以此为依据做出决定。但是，当决定涉及学生在高等学校受教育的权利时，其不能违背国家法律、法规和规章的规定。“不能违背”的内涵是“符合法律、法规、规章规定的精神”和“至少不得重于法律、法规、规章的规定”。显然，法院认为，权利受到法律规范的保护，对权利的处分不能违反法律规范的规定。在符合法律规范对权利保障的目的和对权利处分的限度内，高等学校有着自主权。因为承认高等学校的办学自主权，因此法院是在国家（政府）—社会（大学）的二元结构中来判断校规的合法性，是进行横向的是否违法的判断。在校规和法律规范之间并不存在纵向的上下位阶关系，从而并不存在法律优位原则的适用空间。因此，法院的上述判断方式不同于法律优位原则的适用。
如果被告“凡考试作弊，一律按退学处理”的规定及依据这一规定对原告作出的“按退学处理”不是一种纪律处分，而是一种不能继续完成学业的处理，法院认为退学条件不能与《普通高等学校学生管理规定》规定的退学条件相抵触。这种“不抵触”是指被告的规定不能不在法律规范的范围内，即退学条件不得由高等学校自行设定。法院此时似乎又否认存在国家（政府）—社会（大学）的二元结构，将退学条件的设定作为法律规范保留的事项，而非高校自主的事项。当然，因为被告未从这一角度进行答辩，因此法院从这个角度的审查并未充分展开。
在法院否定了被告规定及依据这一规定对原告处理的合法性后，原告失去学籍的认定也就不能成立了。 因此，法院根据国家实行学位制度及《学位条例》第4条的规定，认为原告具有申请授予学士学位的权利，被告作为国家授权的学士学位授予机构，则应当依照《学位条例暂行实施办法》第4条、第5条规定的程序，对被告的申请进行审核，以决定是否授予其学士学位。法院在审查时没有对是否授予学位作出实质判断，而是在承认原告学位申请权的基础上，从程序的角度判定被告有进行审核和作出实体决定的义务。
