2.补偿额过低与城乡统筹发展之间存在着冲突
虽然我国的土地征收补偿标准不断提高，但是根据该标准支付给被征地农民和集体经济组织的补偿额在被征收土地的整个价值额中只占少部分。学者在实地调查和统计分析后认为，如果将政府出让被征地的土地使用权所获得的土地出让金(对于使用人而言是其获得土地使用权的成本价)假设为100，其中收益被征地农民只得到5%—10%，农村集体经济组织得到25%—30%，政府及各部门所得为60%—70%。[2]
被征地农民和农村集体经济组织所得的补偿额过低不利于城乡统筹发展。一是影响城市本身的发展。当一个农村集体经济组织的所有土地都被征收时，该集体经济组织就会被撤销，所有被征地农民的身份就会发生变化，由农民变成了市民。在这个身份转化过程中，如果被征地农民能够获得比较高的补偿款的话，过上普通的市民生活还是有保障的。可是，由于当前的补偿额偏低，被征地农民所获得的补偿款难以保障其普通的市民生活。如果遇上法定的补偿安置不到位，又不能就业时，被征地农民将沦为城市贫民。如果城市大量征地，出现众多的城市贫民，将会影响城市的社会和经济发展。二是影响农村的发展。当一个农村集体经济组织的土地只是部分被征收时，在大多数情形下，被征地农民的身份不会发生变化，仍然会居住在农村。在补偿额偏低的背景下，被征地农民一般很难维持原有的收入水平。被征地农民的收入减少，意味着该地区的流通资金减少，从而会影响当地的社会和经济发展。三是拉大了城市和农村之间的差距。当前我国的城市和农村之间本来就存在着比较大的差距，根据农业部提供的统计数据，2008年城乡居民收入比由2007年的3.33∶1扩大为3.36∶1，绝对差距由9646元首次超过1万元。[3]补偿额偏低将进一步拉大这种差距，原因在于，补偿额偏低意味着被征地农民和农村集体经济组织在失去土地的过程中，没有获得或者只获得了很少的土地增殖收益，失去了发展的物质基础，相反，补偿额偏低意味着政府和建设单位获得了所有的或者大部分的土地增殖收益，获得了进一步发展的物质基础。简言之，土地被征收后，如果补偿额偏低，农村的社会和经济发展将会出现停滞，甚至倒退，而城市的社会和经济发展将会加速，结果就是农村和城市的差距被进一步拉大。
3.被征地农民不能就业与以人为本之间存在着冲突
虽然市场化的安置办法适应了市场经济形势下就业市场化和自主化的特点，但是这种安置办法对被征地农民不利，原因在于这种安置办法将被征地农民的就业问题交给了市场来解决，可是，在当前，由于外在的和自身的原因，许多被征地农民无法就业。从外在的形势来讲，我国现阶段的就业形势非常严峻，供给大于需求，劳动力市场上的竞争非常激烈。在这种不利的局面下，从自身来讲，被征地劳动力普遍地缺乏文化知识，素质不高，没有从事非农业生产的一技之长，没有竞争力，如果再遇上年龄偏大或身体不好，就更没有竞争力了。据不完全统计，到2004年3月，没有就业的被征地农民人数已达到4000万。[4]
