欲将旧政权及其支持者除之而后快的做法，在本质上仍属于那种你死我活的激进方式，而这种激进方式对民主精神的培养和民主制度的巩固是极为不利的。
再次，通过完善民主制度以实现制度正义应该是转型正义追求的首要目标。罗尔斯在《正义论》中指出，对作为社会人或政治人的人的要求，可以统称为职责，而要确定一个人由制度带来的职责，就必须首先对这一制度进行评价。一些威权或独裁国家之所以会发生不正义的行为，固然与领导阶层有很大关系，但更多的是由于非民主的制度所致。转型正义的意义，应该是在反省与矫正昔日过错的同时，努力重建一套能防止错误重犯的民主制度。因此，对当前的新兴民主政体来说，在实现民主转型后，最需要的无疑是巩固民主转型的成果，处理好追求转型正义与深化民主的关系，进一步完善民主制度，才是新政权在追究旧政权责任的同时更应该面对的主要任务。
然而，亨廷顿认为，在第三波民主化浪潮中夹带着各式各样的漩涡与暗流。其中占首要地位的是，族群对立激化的问题。选举制度的引进使得政治领袖必须竞逐选票，而在许多情境下政治领袖赢得选票的最简便方法，就是诉诸部落、族群、种族以及宗教的支持者，而连带地升高教徒、社群或族群间的冲突级别。然而，几乎没有任何新兴的民主国家，得以透过政治制度的精心设计，来遏制或降低政治领袖提出上述诉求的诱因。这种趋势体现在许多新兴民主政体追求转型正义的过程中。例如，一些政治人物出于谋求政治利益的需要，利用威权时期遗留下来的历史问题及其影响来建构政治的敌我阵营，使转型正义实际上沦为政治竞争的工具，如何完善民主制度、实现制度正义这一主要目标反而被遮蔽了。
最后，但也是最重要的一点是，无论是对待过去的态度、现在对转型正义的追求，还是未来民主制度的完善，都需要宽容精神的支持。民主制度的核心当然是选举政治和政党轮替，但还需要公民民主素质和政治文化环境的配合。民主政治从本质上可以分为三个层面：选举中的大众参与；多数裁决；对少数群体的保护。是否具备第三个层面，是区分自由与非自由民主社会的主要标准。真正自由民主制度的建立和巩固需要对少数权利的保护，否则，代替独裁或威权的可能只是披着民主外衣的另一种多数暴政而已。对许多新兴民主政体而言，民主转型的实现意味着威权体制下的多数民众掌握了实现自己意志的权力，与此相对的是，曾经是威权体制下的少数受益者，现在则处于少数地位，成为需要保护的对象。
