其次，诸多现实条件可能制约追求转型正义时所能做的选择，也可能破坏正义与其他目标之间的平衡。虽然追求转型正义的目的是为了吸取历史教训，为受害者谋求公平正义，但目前学术界占主导地位的观点是，由于转型正义会妨碍其他重要目标的达成，因此可能无法完全实现预期目标。扫清旧政权时期遗留下来的障碍这一强烈愿望可以理解，但新政权面临的最重要的两难困境还在于，它们既要修补旧政权带来的伤害，还要努力重建新的社会基础。过度追求转型正义可能会妨碍新兴民主制度和市场经济的发展，而这意味着对其他社会成员权益的损害和不公正的对待。而且，对所有新兴民主国家来说，它们刚刚完成甚或尚未完成转型，民主不管作为一种制度或者作为一种文化都尚未稳健地建立起来，对转型正义的过度追求必然会与巩固民主这一首要政治目标产生矛盾，从而极大地限制了转型正义的意义和功效。因此，要实现社会新秩序与正义之间的和谐发展，就必须将转型正义的追求限制在一定的范围内。
再次，在追求转型正义时，能否处理好个人正义和制度正义之间的平衡，极大地影响着转型正义的目标能否实现。根据罗尔斯的正义论，正义可以分为制度正义和个人正义，而对制度是否正义的道德评价优先于对个人的道德评价，即制度正义作为一种背景正义比个人正义更为基本和重要，有关个人的义务和职责的确定必须以制度正义为前提。这就是说，在大多数情况里，有关职责和义务的原则应当在对于社会基本结构的原则确定之后再确定。因为职责的约束预先假定着正义的制度，制度不正义则无职责可言。因此，新政权在追求转型正义时，要面对的一个重要问题是，对旧政权中所谓施害者的责任归属如何认定？一些施害者或者“帮凶”的许多行为在当时的制度下都是合法的，他们只是履行自己的职责而已，在这种制度不正义的前提下，他们应该负多大的个人责任？
三、宽容精神的培育与民主化的未来
新兴民主政体需要面对和处理好转型正义问题，而转型正义的合理性与局限性同时存在，这都是不容否认的事实。迄今为止，根据各自的国情、转型时期的政治竞争态势以及转型后各方势力谋求政治利益的需要，新兴民主政体在转型正义问题上形成了几种不同的处理方式：最极端的方式是对旧政权的领导者进行起诉及审判，如罗马尼亚、保加利亚、韩国等(其中韩国相较前两国而言要相对温和，前军人威权统治者全斗焕、卢泰愚等人于1996年遭到起诉并被判刑，但后来得到总统特赦)；稍微和缓的是除垢和(或)审查，通过整肃或审查政府机构，排除旧政权时期的政府官员，典型例子当属捷克；相对温和的方式是通过调查，让大众了解历史真相，追悼受害者，以避免重蹈覆辙为主要目的，以南非为代表；最温和的方式是选择遗忘过去的历史，放弃追究旧政权的责任，典型的例子是西班牙。
