由于可再生能源“总量目标”实际上也是一种配额，因而与可再生能源“配额制”在目标的确定性、明确性、法定性等方面都具有相似性，因而很容易将总量目标与配额制相混淆。事实上，在实行可再生能源配额制的国家，并不区分可再生能源的总量目标与配额制，它们通常只规定可再生能源电力的强制性市场份额，并不规定可再生能源发展总量目标。如英国、美国实行配额制的各州等仅直接可再生能源发电量在电力消费中的比例。这既可以看作是总量目标，也可以看作是强制性市场份额。但是在实行强制上网与固定电价的国家，如德国、西班牙以及我国，总量目标与配额制还是有比较大的区别，表现在：
第一，可再生能源的总量目标是实行可再生能源配额制的前提，配额制是实现总量目标的手段。所有开发利用可再生能源的国家几基本上都确定了可再生能源的总量目标。德国可再生能源的总量目标是到2010年可再生能源消费量占能源消费量的18%,2020年达到30%，2050年达到60%。[6]欧盟的目标是到2020年达到20%。[7]我国可再生能源总量目标是“到2010年使可再生能源消费量达到能源消费总量的10%，到2020年达到15%。”[8]在总量目标确定的情况下，各国可以选择不同的制度、方法和手段实现这一目标。例如英国、荷兰等国家选择配额制，德国、西班牙等国家实行强制上网与固定电价制度。可见，总量目标制度与配额制之间是目标与手段的关系，配额制只是总量目标实现的一种手段。
第二，可再生能源的总量目标包括所有可再生能源利用形式，配额制通常仅仅指电力的配额。由于目前对可再生能源利用最主要的形式是发电如风力发电、光伏发电、生物质能发电等，因而也容易将可再生能源利用与可再生能源发电利用划等号。实际上，虽然可再生能源发电是利用可再生能源的最主要的方式，但二者在内涵与外延上并不一致。除了可再生能源发电之外，可再生能源利用还包括热利用、燃料利用等。因而可再生能源电力配额只是可再生能源总量目标（总配额）中的一部分，两者是整体与部分的关系。
第三，可再生能源总量目标是可再生能源发展的政府目标，可再生能源配额制是可再生能源发展的企业目标。可再生能源总量目标是国家或者各级政府制定的可再生能源发展的宏观发展指标，但其具体落实则需要进一步肢解或者制定为向企业下达的“配额”来进行。因此，目标与配额具有相对性，对国家来说，发展目标是总量目标，对企业来说，发展目标则体现为完成配额。
三、可再生能源配额制的义务主体
根据国外经验，配额制的义务主体通常包括发电商、电网运营商、电力供应商以及消费者。但是在不同国家，实际承担配额义务的主体则又有所不同。英国可再生能源义务主体主要是供电商。澳大利亚可再生能源的配额义务主体主要是电力批发商，丹麦、荷兰以终端消费者为义务人，比利时的配额义务人是电力零售商，而意大利的义务人是年产量超过100GWh的发电厂。美国各州可再生能源配额义务主体主要是供电商。
