首先，由开枪警察所属的公安机关对警察开枪的合法性进行调查，常常导致偏袒甚至包庇违法开枪警察的结果。我国司法实践中不时出现的警察滥用枪支的事例也与此有关，且多数情况下做出了对警察有利的认定。例如，昆明市公安局五华分局民警在追捕入室盗窃嫌疑人时将其开枪击毙一案中、昆明市公安局五华分局局长李某、政委徐某以及副局长张某和黄某组织相关部门及人员，会同五华区检察院相关领导和工作人员赶往现场，对现场勘查后认定，民警在该案中围捕入室盗窃嫌疑人依法使用武器，采取措施果断正确。[20]但是，《警械和武器条例》第9条之（十四）项规定的对拒捕的犯罪分子可以开枪的情形是“犯罪分子携带枪支、爆炸、剧毒等危险物品拒捕、逃跑的”。本案中嫌疑犯的作案工具仅是“手上戴有尼龙手套一双”。随身物品也只是“背包中查获笔记本电脑一台、移动硬盘一个、手机一部、人民币1100元等物品及现金。”显然不属于应当开枪击毙的情形。再如，吉林省柳河县公安局通报：2006年3月3日14时许，柳河县公安局凉水河子镇派出所接到群众举报，到五里堡村抓赌，十余名赌徒发现民警赶到，立即四处逃窜。办案民警陈海东连续三次鸣枪示警，但涉赌人员韩某依然逃窜，随后赶到的民警陈海东立即上前抓捕，韩某在抵抗中一脚碰响了陈警官手中的六四式手枪，随后应声倒地。柳河县公安局经过与死者家属协商，最后确定赔偿死者家属30万元，目前死者遗体已火化。[21]此案中，韩某在抵抗时何以恰巧碰响了陈警官的手枪？碰响手枪后又何以恰巧击中了韩某？而且恰巧击中致命部位？既然是韩某的责任，为何公安局要赔偿死者家属30万元并急于火化尸体？此通报的疑点甚多，不排除警察在三次鸣枪示警后，向韩某射击的可能性。可见，由开枪警察所属公安机关对开枪的合法性进行调查的程序，是欠缺公正性的程序，不符合监督制约的法治原则，无以保障人民的生命安全，实有修正的必要。
其次，由开枪警察所属公安机关对开枪的合法性进行调查的做法，有违我国《刑事诉讼法》有关回避制度的精神，不利于调查的公正进行。根据我国《刑事诉讼法》第28条的规定，“与本案当事人有其他关系，可能影响公正处理案件的”侦查人员应当回避。开枪的警察与事后负责对开枪的合法性进行调查的警察属于同一公安机关，关系密切。而且开枪事关重大，对其合法性进行调查，必经公安机关负责人的过问甚至直接指挥，如果开枪不合法，可能涉及其领导不当责任。这些都极有“可能影响公正处理案件”，应属回避的法定情形。
