涌现出来的第一个问题便是司法解释第9条和《合同法》第40条的关系。第40条规定只要具有这5种情况的格式条款一律无效，且毋需虑及提供方是否违反了39条规定的义务。稍一比较便可发现，司法解释第9条在两个方面改变了第40条的规定，即添加违反条件和将效力变更为可撤销。假若司法解释可以合法适用，那第40条的空间将只能是：提供方没有违反义务但格式条款合乎第40条规定的5类情况的，一律无效。如此一来，在司法解释和合同法规定所遵循的价值上出现了一个较为奇特的现象：违反义务者非提供方有撤销权，而不违反义务者却必定无效。从博弈论视角，格式条款提供方必定选择对39条第一款义务的违反，因为不遵守第39条第一款的义务必然使得格式条款发生效力，即使对方当事人撤销尚需撤销权的行使且还有除斥期间的限制。显然，司法解释第9条鼓励了提供方对自己应尽义务的违反，只因这一违反能给他带来利益。同时，司法解释作为最高人民法院的观点，其对抗《合同法》第40条的合理性在哪？为什么凭空赋予非提供方撤销权？这些都是司法解释无法说清楚的。
产生的第二个问题是司法解释第10条与《合同法》第40条的关系。司法解释第10条明显是针对《合同法》第40条而来的，但对第40条有重大改变，即附加了提供方对39条第一款义务的违反。如果适用司法解释第10条，必须是提供方违反了义务且格式条款属于第40条规定的情形。可见，司法解释第10条严格限定了第40条的适用范围。倘若提供方没有违反或虽然违反了但不属于《合同法》第40条规定的5项情况也不无效，但具有何种效力却不得而知。从法律适用上而言，司法解释第10条明显不如《合同法》第40条，因为它规制的范围极其有限。一旦出现上述两种情况法院该如何处理，尚无法可据。因此，若认定司法解释出台后即可取代合同法的规定，必定出现适用上的漏洞。
第三个问题乃司法解释第9条和第10条之关系。司法解释在针对《合同法》第39条和第40条作出解释时统一附加了“违反第39条第一款义务”条件，但在对待提供方违反义务时却有着天壤之别。第9条规定明显是以相对方是否知悉为主，倘若因为提供方对义务的违反而不知悉，则非提供方可以撤销这些条款。正如上文所述，这些格式条款的种类仍然是免除或限制其责任的条款，而这些条款主要反映在合同法第40条的5项情形中。可司法解释却在第10条明确规定违反这些义务且落入《合同法》第40条情形的格式条款一概无效，显然与第9条存在激烈的冲突。因为第9条的格式条款在现实中主要表现为40条的5项情况，因而与第10条在调整对象上存在重合，但针对同样的对象在相同的条件下却有着不同的效力，这是匪夷所思的。可以想象，实践中一旦出现提供方对《合同法》第39条第一款义务的违反且又属于合同法第40条情形时，将导致法院抉择的不知所措。
