从国内法与国际法的关系角度出发，邮传部也对草案第八条关于优先适用国际法之特别条约法规或惯例的规定表达了强烈的异议，“本条规定，在立案者本意，系为防止本律与国际法之冲突而设。不知刑法与国际法本自截然两物，各有独立性质，牵此入彼，实为大谬。…故照国际普通法，外国主权者代表者均不受内国刑罚制裁，然各国不以此种条文加入刑法，即如日本新颁刑法。…观此则本条之设，不诚为多事乎？且以国际条约与法规惯例并举，在学理上亦有未妥。夫国际上舍条约惯例即无所谓法规，盖条约惯例为国际法之大源故也。不宁唯是，此条若作为正文颁出，与中国国权体面大有损伤，何则？领事裁判混合裁判等特别条约，只成为国际条约上之权利，与内国法律上之权利，固自有间。若为内国法律付与之权利，则不因开战而消灭，若仅为条约上之权利，则开战时可以失效，今将变条约上之权利而以刑律规定之，与我国所损滋多，是亦不可以已乎？至于惯例两字，尤数荒谬。…此条为各国所无之条文，流弊甚大，非削去不可” [16]。可以看出，邮传部对于国际法的了解，远在修订法律馆之上。
即使从今天眼光看，草案此两条规定确实有欠斟酌，有在国内法上自丧其国家主权和尊严的嫌疑和危险。似乎这个问题在草案编拟之初就有人提了出来，但草案编纂者不以为然，这导致了第二条实际上仍然是具文，而且在国内法上予以承认。对于不平等条约，草案居然认为神圣，“第一项虽不问何人，然国际公法之原则至尊，为神圣不可犯侵，则刑律不能一律适用，自不待言。又国际公法之原则，有治外法权之人不能适用本律，如第六条所定者是。”河南签注认为，新刑律的目的就是为了收回领事裁判权，如果在新刑律中明白承认领事裁判权的存在，那修律何益？领事裁判权是西方以强权用国际条约的形式取得的，是一个事实存在，但不能在国内法上予以承认。但最后这个意见并没有被采纳，相反修订法律观认为河南签注“故作背驰之论，系属有意吹求，应请毋容置议” [17]。修正案第八条改“特别条约法规或惯例”为“特别成例”，但无实质内容的变化。提到了邮传部的签注，但未采纳其删去此条的意见。相反予以批驳，认为“邮传部签注以为舍条约惯例即无法规，悉属错误”；“本条即为声明此项限制而设，并非牵国际法入于刑律之内”；“今特定此例于国权国体并无损伤也”。《钦定大清刑律》第八条只做了文字上的修饰，导致就法律上而言对外国人的管辖仍是一纸空文。在当时已经能够区分治外法权（即今日的外交豁免权）和领事裁判权之不同的情况下，草案仍然在国内法上承认了领事裁判权的存在，这的确和沈家本一再宣传的修律以收回领事裁判权的说法大相矛盾，由于沈家本在草案中没有就此问题作进一步的解释，今天我们无法揣测他老人家在这个问题上是怎么想的。这也使我们怀疑，沈家本主持清末修律，真的如他自己所言，是要收回领事裁判权吗？
立法目的上的偏差，遂导致了草案分则第三章关于国交之罪的规定。对于此章规定，众多签注提出了异议。如广西签注以前几年的租界苏报案、李鸿章在日本被刺案为例，说明草案关于国交之律中将外国君主等同于本国君主、外国代表等同于尊亲属而予以刑法上的保护是错误的 [18]。两广签注反对草案第107、108条在刑法上置外国君主皇族与中国帝室同等看待。“今以外国君主大统领同于乘舆，外国皇族同于帝室，若有危害不敬，科罪惟均。非特中国臣民心理有所不安，即稽诸列代典章，似亦无此律法。…夫尊君所以劝忠敬上，所以正乱，似未可内外无别视为同等。此律务当酌改或竟删除为宜”；反对第109条杀伤外国代表按杀伤尊亲属之例处断，“今以外国代表等于父祖，若有杀伤即照此律处断。非独骇国民之视听，抑恐贻笑与外人。纵非谓其罪质相同，与以某律论者有别，而查其文义，实无殊科。恐不足以餍人心而昭法守”；对于第110条侮辱外国国旗罪和第111条滥用红十字作为商标罪，两广亦认为应属国际条约的范围，“似不宜搀入刑律致有阻碍” [19]。邮传部则认为第112条中国臣民聚众以暴力潜窃外国领域罪一条，“中国臣民下须加入”无故“二字或加”未得国家之同意“数字似较妥当 [20]。陆军部举日本刑法和国际公法两例说明，对第110条侮辱外国国旗罪定罪应与限制，”似本条应添国旗章以堪为国家代表者所揭之旗章为限，并须外国政府请求然后论罪。对第112条，则以“英人以东方公司墟印度，即得印度然后归诸英国国家。虽非暴力，其为潜窃外国领域无疑，故无人从而罪之者”为例，认为本条无任何意义反而有害，“凡中国臣民潜窃外国领域者云云，此条为吾国现行刑律所无，亦为各国刑律所不载。…则本条有同虚设且恐适招外交上之结责，似宜删除” [21]。
