在管理国际非政府组织的法律制度长期缺位的情况下，中国政府在实践中发展出一种对在华国际非政府组织“不承认、不取缔、不干预”的三不政策。这一政策的具体内容是：中国政府不承认在华国际非政府组织的法律地位，不取缔已来华活动的国际非政府组织，也不干涉它们的内部事务，但它们不得危害中国的国家安全或社会稳定。总体而言，“三不政策”中的“不取缔、不干预”可以视为是以一种消极方式反映了欢迎和支持国际非政府组织来华活动的态度，其目的意在为国际非政府组织来华活动排除来自政府方面的不利干扰。因此，当民政部与在北京的国际非政府组织协商起草关于国际非政府组织管理法规时，一些组织表示，它们更希望中国政府延续“三不”政策，而不要出台相关管理法规，以便继续享有不受政府干涉的行动自由。{20}而“不得危害中国的国家安全或社会稳定”这一但书内容则无疑适应了对国际非政府组织的不信任心态和防范意识，它的潜台词是，“如果在华国际非政府组织危害国家安全或社会稳定，政府必将干预”。
但是，“三不政策”并未从根本上解决中国在管理国际非政府组织问题上面临的两难困境。就“为国际非政府组织来华活动提供便利条件，以尽可能地获取它们的资金和技术”这一方面而言，尽管“不取缔、不干预”可能会为国际非政府组织来华活动排除来自政府方面的不利干扰，但“不承认”却会在很大程度上抵消这种效用。因为如前所述，不承认在华国际非政府组织的法律地位，不给予其社团法人的法律身份，会使其在华活动面临许多障碍。所以，要实现这一方面的目标，更多地需要的是政府建构有利于国际非政府组织来华活动的管理制度的积极作为，而不是“不取缔、不干预”这样的消极不作为。而就“有效避免在华国际非政府组织的活动危害国家安全和社会稳定”这一方面来说，“三不政策”虽然对在华国际非政府组织有“不得危害中国的国家安全或社会稳定”的要求，并将其视为“不取缔、不干预”的前提，但却并未明确应如何确保在华国际非政府组织的活动不会危害国家安全和社会稳定。第一，“三不政策”没有明确由谁来监督管理在华国际非政府组织的活动，避免其危害国家安全和社会稳定。按照国务院的机构职能安排，可以推定应由民政部门来负责对在华国际非政府组织的监督管理工作。但在实践中，民政部门并没有专享这种监管权力，外交部、商务部等其他部门也有这方面的工作职能。这种多方皆可管，而又没有具体的职责分工和协调机制的状况极易使对在华国际非政府组织的监督管理出现许多空白，造成部门之间的责任推诿，甚至出现多方皆不管的局面。{21}第二，“三不政策”没有明确应如何判断在华国际非政府组织的活动危害了国家安全和社会稳定，亦即，所谓的“国家安全和社会稳定”的具体内涵是什么。这种判断标准的模糊性使得各地政府往往从自己的地方利益出发来判断在华国际非政府组织的活动是否危害了国家安全和社会稳定。然而，众所周知的是，地方利益并不一定与国家利益完全一致。对某地方区域有利的国际非政府组织的活动完全有可能会危害国家整体的安全和社会稳定。更值得注意的是，由于判断标准的模糊，各地政府在实践中常常对判断国际非政府组织的活动是否危害国家安全和社会稳定作一种简单化的处理，即以国际非政府组织的活动领域来判断其是否危害国家安全和社会稳定。对于在扶贫、抗灾、环保、教育、医疗、慈善等为我国的经济和社会发展所急需的领域活动的国际非政府组织给予“绿灯”放行，为其进入中国提供种种便利条件；而对于那些涉及政治、宗教、人权、意识形态领域的国际非政府组织则亮起“红灯”，不准许其在华活动。{22}但事实上，大量的事例说明，前一类组织的活动也会危害国家安全和社会稳定，而后一类组织的活动亦能促进经济和社会发展。{23}这种简单化的判断处理并未能有效避免在华国际非政府组织的活动危害国家安全和社会稳定。相反，由于地方政府放任某些特定领域的国际非政府组织在华活动，给国家安全和社会稳定带来了更大的现实危害和潜在风险。
鉴于“三不政策”既未能积极地为国际非政府组织来华活动提供便利条件，也没有有效避免在华国际非政府组织的活动危害国家安全和社会稳定，而制定专门的国际非政府组织管理法律法规又困难重重，中国政府在2004年修订《基金会管理办法》的过程中采取一种折衷的方式改进了对在华国际非政府组织的管理。亦即，将现有非政府组织管理法律法规扩大适用于在华国际非政府组织，以便运用已经确立的“归口登记、分级管理、双重负责”的管理模式加强对它们的管理。作为《基金会管理办法》修订结果的《基金会管理条例》明确表明适用于包括在外国合法成立的基金会在内的境外基金会，并确立了境外基金会管理的“归口登记、分级管理、双重负责”模式。它标志着中国对在华国际非政府组织的管理从以往完全依靠政策、“无法可依”的阶段迈入“有法可依”的阶段。根据这一条例，外国基金会得以在中国内地设立代表机构，并到国务院民政部门进行登记取得法律身份，进而凭登记证书依法申请组织机构代码、刻制印章、开立银行账户。显然，这使得外国基金会排除了在以往“无法可依”阶段因不能取得法律身份而导致的诸多活动障碍。可是，令人颇感意外的是，从条例实施至今，按其规定在中国内地设立代表机构的外国基金会仅有12个，只占在华外国基金会总数的很少一部分。{24}出现这一状况的原因主要有两点：一是外国基金会主观上不愿根据条例到民政部门进行登记。虽然根据条例登记后可以排除一些活动障碍，但同时也会产生新的麻烦，诸如必须每年向登记管理机关报送上一年度的工作报告，接受税务、会计主管部门依法实施的税务监督和会计监督等。同时，条例并未规定外国基金会如不进行登记将会被取缔或遭受干预。所以，外国基金会更乐意享受传统“三不政策”下的不受政府干涉的行动自由。二是外国基金会客观上很难根据条例成功进行登记，取得法律身份。根据条例第13条的规定，外国基金会在中国内地设立代表机构，应当经有关业务主管单位同意后，再向作为登记管理机关的民政部门提出申请，并须提交业务主管单位同意在中国内地设立代表机构的文件。然而，对于外国基金会而言，要找到合适的业务主管单位并取得它们的同意在中国内地设立代表机构的文件相当困难。这是因为，虽然条例第7条规定国务院有关部门或者国务院授权的组织是外国基金会代表机构的业务主管单位，但并未对它们施加必须作为某外国基金会业务主管单位的强制性义务。更重要的是，条例第35条给业务主管单位施加了一系列对外国基金会的监督管理职责，第45条则明确若业务主管单位工作人员“滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予行政处分或者纪律处分”，但却没有任何条款规定业务主管单位能从对外国基金会的监督管理中受益。这导致各业务主管单位常常“多一事不如少一事”，对提出申请的外国基金会大多采取推脱的态度，以便避开对外国基金会的监管职责以及由此可能带来的风险。{25}而它所带来的进一步后果无疑是使外国基金会难以根据条例成功登记，取得法律身份。总之，《基金会管理条例》一方面让中国对在华国际非政府组织的管理从“无法可依”的阶段过渡到“有法可依”的阶段；但另一方面由于条例本身的缺陷，其在实施过程中的实效性相当有限，以至于目前中国对在华国际非政府组织的管理陷入了“有法不依”的窘境。正如《中国发展简报》创办人高飚（Nick Young）所说，《基金会管理条例》对于在华国际非政府组织的发展而言，只能称得上是“聊胜于无”。{26}
