尽管中国政府一贯欢迎和支持国际非政府组织来华活动，但却长期未能为国际非政府组织来华活动提供制度性的保障。中国关于非政府组织管理的制度建设始于20世纪80年代中后期。当时，为推动社会团体的登记注册，国务院在民政部设立了社会团体登记管理部门，并于1988年9月和1989年10月先后颁布了《基金会管理办法》和《社会团体登记管理条例》。这两个法规是改革开放后我国政府最早制定的关于非政府组织的制度规范。以此为基点，经过20余年的制度建设，目前我国形成了以国务院制定的《社会团体登记管理条例》、《民办非企业单位登记管理暂行条例》和《基金会管理条例》以及民政部制定的《民办非企业单位登记暂行办法》、《取缔非法民间组织暂行办法》为主体的非政府组织管理制度。它们确立的中国政府管理非政府组织的基本框架就是所谓的“归口登记、分级管理、双重负责”的管理模式。{15}
然而，在2004年《基金会管理条例》取代《基金会管理办法》之前，这一套管理制度并不适用于国际非政府组织。{16}国际非政府组织来华活动的制度缺位造成的直接后果是：在华国际非政府组织不能取得社团法人的法律身份。根据1986年《民法通则》第50条的规定，具备法人条件的社会团体依法需要办理法人登记的，经核准登记，才能取得法人资格。但就在华国际非政府组织而言，由于没有法律法规对它们的登记和管理作出规定，使得它们处于“登记无门”的状态，因而也就没有成为社团法人的可能。这随之给国际非政府组织在华活动带来了诸多障碍。譬如，根据1990年9月26日民政部和中国人民银行联合发布的《关于社会团体开立银行帐户有关问题的通知》，经社团登记管理机关（民政部门）登记的社会团体方可凭登记管理机关发给的社会团体登记证书填制开户申请书，向银行申请开立银行帐户，经银行审查同意后，办理开户手续。据此，无法登记的在华国际非政府组织不能在中国境内银行开立独立的银行账户，并进而影响它们的募捐能力、税收减免资格、财务管理、信息披露和社会信用。再如，绝大多数国际非政府组织的活动资金来自于双边捐赠、发展银行和美国国务院这样的政府部门以及诸如联合国各机构与欧盟这样的国际组织的资助。但它们在给予资助时，一般会将相关组织已在活动地国进行登记，取得合法身份视为必要条件。{17}所以，不能取得法律身份的在华国际非政府组织在筹措活动资金时会面临极大困难。
显然，这些障碍使得中国政府欢迎和支持国际非政府组织来华活动的表态在很大程度上难以落到实处。它还使得许多国际非政府组织不愿来华活动或限制在华活动的范围，从而未能最大限度地利用它们的资金和技术促进中国的经济发展。正如一个名为TIPS的国际非政府组织负责人加莫斯（Jamos）在接受访问时所说，中国目前很多领域急需国外的一些非政府组织提供资金和技术的支持，但法律却不给予国外非政府组织以合法身份，使得很多良好的机会都白白地错过或浪费了。{18}
造成上述制度保障缺失的根本原因，可能在于中国政府对国际非政府组织根深蒂固的不信任心态和防范意识。{19}显然，上述两方面的态度取向是相互矛盾的，它使得中国政府在建构关于国际非政府组织的管理制度时处于两难的困境。亦即，既要能为国际非政府组织来华活动提供便利条件，以尽可能地获取它们的资金和技术；又要能有效避免它们参与政治活动或宣扬西方价值观，并因而影响国家安全和社会稳定。这无疑需要在制度建构过程，特别是立法过程中具有高超的平衡技巧。然而，这种平衡在实践中很难实现。
