（二）存在形式的复杂性
在中国现行的关于非政府组织的法律制度中，涉及非政府组织登记管理的法律主要有三部，即《社会团体登记管理条例》、《民办非企业单位登记管理暂行条例》和《基金会管理条例》。前两部均不适用于在华国际非政府组织。根据《社会团体登记管理条例》制定的《社会团体分支机构、代表机构登记办法》第18条还专门规定：“香港特别行政区、澳门特别行政区、台湾地区和外国社会团体在中国大陆设立分支机构、代表机构的，另行规定。”但这一“另行规定”至今都未见踪影。《基金会管理条例》虽规定境外基金会可在中国内地设立代表机构，但其适用的实效性存在很大问题。根据2011年7月6日发布的《境外基金会代表机构2010年年度检查结果公告》，境外基金会按规定在中国内地设立代表机构的目前仅有16个。可见，在现有法律制度下，绝大多数在华国际非政府组织都不能取得法律上的合法身份。但在事实上，越来越多的国际非政府组织已经在中国进行活动，这有赖于它们在实践中发展出来的千差万别的存在形式。
第一，国际非政府组织通过注入资金和支持项目的形式来开展活动，它们不注册正式的身份，而只是同寻找到的合适的合作者签署协议，提供资金支持。例如，日本笹川和平财团于1989年与中国国际友好联络会共同设立了中日友好交流基金，其宗旨是利用该基金，通过开展中日两国在政治、经济、文化、教育等领域的人员交流，加深相互理解，促进友好与合作，培养两国所需人才，为中日两国的繁荣、发展和世界和平作出贡献。
第二，国际非政府组织在香港或澳门建立总部或分支机构，然后通过这些机构，在中国内地开展活动。根据中国发展简报2005年出版的英文版《200国际NGO在中国》统计，共有30多个国际非政府组织在香港，两个在澳门建立总部或分支机构负责在中国内地开展活动。
第三，国际非政府组织在中国实施项目的过程中，专门设立相关的项目办公室。这样的项目办公室本身不具备独立的社团法人资格，也没有上级主管部门，具有“一事一设”的性质，往往在项目实施完成后，办公室即撤销。例如，国际野生生物保护学会（WCS）为在青藏高原和帕米尔高原开展有蹄类保护，在东北地区开展跨国界东北虎保护，在长江中下游地区对扬子鳄和斑鳖进行保护，在华南地区开展减少野生生物消费和贸易以及野生动物保护宣传教育项目，分别在相应地区的拉萨、珲春、广州设立了三个项目办公室。
第四，国际非政府组织根据国务院1980年发布的《关于管理外国企业常驻代表机构的暂行规定》的规定，到相关工商管理部门登记，以外国企业公司的形式注册，借以在中国开展活动。例如，英国海外志愿服务社从1981年起开始积极参与中国的发展和减贫工作，1990年3月30日，它在北京市工商行政管理局以外国（地区）企业常驻代表机构身份登记注册了英国海外志愿服务社北京代表处。
第五，国际非政府组织通过与中国政府或其授权的相关机构签订特别协议，在中国设立办事处。根据特别协议，这样的办事处不需再在民政部门登记注册。最早通过这样的方式在中国设立办事处的是福特基金会。1987年，中国社会科学院经中国政府的同意，与福特基金会签订了《中国社会科学院与福特基金会协议备忘录》，其中规定“政府同意基金会在北京开设一个办事处”。据此规定，福特基金会于1988年1月在北京设立了中国地区办事处。
