可见，与人权非政府组织所取得的成就相比，它们并未获得与之相应的正式的法律地位。这说明，人权非政府组织对国际人权的保护仍主要通过依靠公众舆论及说服的力量等非正式的途径参与。正如第一任联合国秘书长赖伊（Trygve Halvdan Lie）所言：“即便是对参与联合国决策和运作的非政府组织作一个粗略的估计，也毫无疑问地说明非政府组织的加人不但证明了宪章第71条的正确性……而且远远超过了这些法律规定的最初范围。”{32}随着人权非政府组织的不断发展与壮大，这种非正式的参与也不可避免地带来许多的问题与挑战。尽管各个人权非政府组织之间相互独立并且千差万别，但它们所遇到的问题却带有一定的普遍性。这些问题主要包括以下几个方面：
（一）人权非政府组织的公正性问题
人权非政府组织总是强调它们是推动人权规则应用于实际的公正的监督者，是人权法的扞卫者。{33}但是，大赦国际曾拒绝将南非黑人领袖纳尔逊·曼德拉（Nelson Mandela）作为“良心犯”（pris-oners of conscience）来提供帮助，理由是种族隔离不属于他们所认为的“政治体系”。仅这一事实就可表明大赦国际并非完全像其所标榜的那样“独立于任何政府、政治意识形态、经济利益或宗教信仰”。
一方面，人权非政府组织在活动过程中极大地受到文化价值理念的影响。成立于发达国家的北方人权非政府组织，就常常以西方的人权标准去衡量发展中国家的人权问题。它们的调查往往也只集中在免受国家侵扰的自由权、民主参与权等公民权利和政治权利方面，而忽视经济、社会和文化权利，甚至很少去探寻公民权利和政治权利遭受侵犯背后的社会经济因素及其他因素。{34}只在经济、社会和文化权利与公民权利和政治权利发生联系的时候，他们才会关注经济、社会和文化权利。换句话说，在人权观察那里，经济、社会和文化权利只是公民权利和政治权利的附庸。只有公民权利和政治权利才是基本的、首要的权利，而没有了这些权利，其他的权利就没有多大的存在意义也不可能实现。{35}谁能说这种观点不是在推行西方的人权价值观并将之全球化呢？而南北人权非政府组织之间有关于此的争吵有时只是意识形态问题和政治问题的分歧，对于人权保护来说毫无意义。
另一方面，人权非政府组织虽然大部分都订有各自的章程，但通常并不存在一个专门的机构负责对章程条文的实施予以监督。实践中，组织章程中所列的有关该组织的目的宗旨、活动范围以及如何运作等的规定常常会由于名种原因而被忽略或者回避。而最后的结果便是人权非政府组织完全可以抛开其组织章程的规定自由行动。不仅如此，由于缺乏监督，人权非政府组织对其背离章程的行为不会受到任何的制裁。例如，大赦国际最初只是致力于“良心犯”的释放，而现在的活动扩大至促进公平审判、监督国际武器贸易、废除酷刑、法外处决以及死刑等。{36}将注意力转移到公众感兴趣的问题是人权非政府组织行动范围无限扩大的重要原因之一，这样可以扩大组织的影响力，获得更多支持者的财力支持和道义支持，为进一步发展奠定基础。正如斯泰纳（Steiner）所指出的，人权非政府组织的目标及活动范围越广泛，它们作为客观观察者的特殊地位就越会受到政治目的的破坏，甚至是取而代之。{37}
（二）人权非政府组织提供信息的可信性问题
人权非政府组织要施展其影响力，首先必须通过发布准确的报告及信息来赢得尊重。大赦国际在其成立之初，就曾因对政治犯、酷刑、死刑等方面的准确报道而因此建立了国际上的信誉。{38}但是，是否因此就能认为人权非政府组织所提供的信息一定是客观准确的呢？这种观点与现实存在一定距离。
首先，人权非政府组织查明事实真相需建立在长期的、有时甚至是极其困难的研究工作基础之上。而信息的来源又十分复杂，有人权受害者或其家人、朋友，有被释放的囚犯以及其他受到压制的团体等。他们所提供的信息是否真实，需要人权非政府组织在调查时排除偏见，并仔细地查证。{39}而过去的事实又无法重现，在终极意义上并不存在所谓的“客观事实”。因此，公正透明的调查程序规则对于保障最后的调查结果接近于事实真相并获得公众的信任来说就显得尤为重要。政府以及政府间的国际组织在从事调查行为时，一般都会建立在严格的程序规则基础之上。然而，大多数人权非政府组织的调查程序却是非正式的。在调查活动开始之前，他们不划定明确的调查范围，承担调查任务的成员也是随意挑选的。{40}在调查过程中，由于受人力、物力、财力所限，人权非政府组织往往需要依赖一些未经完全证实的传闻或文件，并通过合理的推理得出结论。虽然间接证据在查明事实中具有特殊的作用与价值，尤其是在直接证据难以收集的情况下。但问题的关键在于，人权非政府组织往往不加以证实，也不向公众指明哪些是基于直接证据获得的事实，而哪些又是从间接证据中推导出来的事实。{41}1990年，大赦国际在一篇报道中指责伊拉克战士在科威特谋杀婴儿。实际上，该事件只是一家与科威特利益有关联的美国公司所编造，目的是为了在海湾危机中使科威特获得更多的国际舆论支持。而大赦国际却在不经核实的情况下发布了这则消息，并且该消息后来一直被布什总统援引作为向伊拉克开战的理由之一。{42}最后，在调查结论中，也很少有人权非政府组织清楚地说清作出结论所依据的基础，信息收集的方法以及用以辨别信息真伪的方法等。{43}实践中，出于正式的调查程序规则可能会使调查结果不够吸引公众注意的考虑，人权非政府组织在采集言词证据时常常不需经宣誓，{44}在证据的收集及挑选方面也不依据公认的国际规则。{45}1975年大赦国际在调查发生在以色列及叙利亚的不当待遇及酷刑情形时，甚至认为使用交叉询问的方法不是非常合理。{46}
