要实现撤诉审查的目的，必须有一套合法合理的程序规则。在这个程序规则中尤其要注意以下几个程序环节：一是关于申请撤诉的方式。现行《行政诉讼法》及其司法解释均未规定撤诉的具体方式。实践中法院一般要求当事人以书面方式提出撤诉申请。笔者认为无论就体现申请者的真实意思，还是有利于法院的审查，均应当明确规定书面申请的原则。即使在审理程序中当事人提出要求的，也应当由记录人员记录在案并经当事人签字。
二是法院建议的形式。对于《撤诉规定》第1条，学界也多有指责，如建议的形式是口头还是书面，法院对不采纳其建议的被告是否应该作出对其不利的裁判等？笔者认为，从规范的角度讲，法院的建议还是采用书面形式好。但是无论采用何种形式，这里的建议不能等同于司法建议，只能相当于行政管理活动中的行政指导。[15]因此，即使被告不愿意接受法院的建议，法院也不可以对其采取不利措施。
三是考虑增加风险告知程序。根据现行制度规定，原告申请撤诉获得法院准许后，如果再以同样的事实和理由提起诉讼法院不再受理。因此，在审查程序中应当增加风险告知之类的程序，并可以谈话笔录的形式记录当事人的真实意思表示，以便更好地维护当事人的合法权益。[16]这样才能有效保障原告的诉权，同时，也可为法院解决纠纷提供有效证据，有利于真正解决行政纠纷。但在实践中有的法官出于种种原因，希望当事人尽快撤诉而不履行告知义务，甚至有的法官还会误导当事人尽快撤诉，最终导致当事人因撤诉而丧失了诉权，其实体权益的维护也因此而无从谈起。
四是注意选择裁定准许撤诉的时机。在当事人之间达成的和解中，往往具有履行权利义务的内容，人民法院应当关注和解内容的履行情况，对于有履行内容且履行完毕，符合撤诉条件的，应当裁定准许撤诉；不能即时或者一次性履行的，可以裁定准许撤诉，也可以裁定中止审理，以防止约定的义务不能及时履行或者不履行，使当事人的权益再次受到侵害。
五是要正确处理撤诉与裁判的关系。及时救济权利，兼顾行政效率，是行政审判应当追求的目标。因此，法院要正确处理好撤诉与裁判的关系，以防止当判不判，久拖不结。这一点在当前形势下特别要引起注意。经审查申请撤诉不符合法定条件，或者行政机关改变被诉具体行政行为后当事人不撤诉的，应当及时作出裁判。要真正做到“能调则调，当判则判，调判结合，案结事了。”
（四）原告撤诉后的救济权如何保障
《行政诉讼法》、《若干解释》以及《撤诉规定》基于撤诉是原告自愿的考虑，均未对原告撤诉后的救济权利予以应有的规定。相反，《若干解释》第36条为了防止原告滥用诉权，对原告撤诉后以同一事实和理由再行起诉予以严格限制。该条规定：“人民法院裁定准许原告撤诉后，原告以同一事实和理由重新起诉的，人民法院不予受理。”
对于裁定准予原告撤诉之后，在诉讼期限内原告又以同样的事实和理由再次起诉，法院是否受理的问题，有各种不同的意见。有学者认为，起诉是一种法律行为，如果当事人申请撤诉并经法院裁定准许后，就不能以同一事实和理由重新提起诉讼了。其理由是，法律行为一旦作出即发生效力。不能任意否认其效力，而且重新起诉违反了“一事不再理”原则。有学者认为，应该允许原告再次提起诉讼。其理由是，从现实情况看，当事人放弃诉讼的原因是多方面的，在很多情况下当事人是被迫放弃诉讼权利的，如果对这种情况不给予救济，那么当事人的合法权益就得不到保护，允许他们重新起诉是对他们权利的一种救济。况且在民事诉讼中，当事人撤诉后只要在法定起诉期限内是允许其重新提起诉讼的。有学者认为，《若干解释》第36条：“准予撤诉的裁定确有错误，原告申请再审的，人民法院应当通过审判监督程序撤销原准予撤诉的裁定，重新对案件进行审理”之规定是比较好的。既符合“一事不再理”原则，同时也有利于促进当事人在处分自己的权利时要认真考虑。如果撤诉是当事人意志以外的原因造成的，则意味着法院审查不严，也就是说准予撤诉裁定确有错误。在这种情况下法院撤销准予撤诉的裁定，恢复对案件的审理，不仅在理论上说得通，而且给当事人提供了救济的机会。[17]
笔者认为，《若干解释》第36条第1款的规定其本意无可厚非，但是实践效果却不如人意。由于目前行政诉讼调解缺乏法律依据，甚至为现行法律所明文禁止。因此，调解不能作为行政诉讼法定的结案方式，原被告通过法院调解达成的协议不具有法律上的效力。这样，如果原告撤诉而被告并不履行承诺，原告则会告状无门，原有矛盾将会更加激化。虽然《若干解释》第36条第2款对撤诉裁定确有错误给予一定的救济，《撤诉规定》第6条对撤诉裁定书的内容也作了较以前更加有利于原告的规定。但事实上，前者的规定并不利于行政诉讼调解机制的发展；[18]而后者的规定中用的是“可以”，并不时强制性的，而且即使裁定书中载明了被告改变具体行政行为的主要内容，被告并不实际履行，法律和司法解释均未规定应有的手段。这在事实上使得原告撤诉后的救济权没有着落。禁止撤诉后再行起诉的规定，在实践中有时会为被告规避法律提供事实上的方便。这一点在理论上并不难想象。
