如果是明显违法的行政行为，原告申请撤诉，法院是否准许呢？有学者认为，法院应当根据行政行为违法的明显程度来决定是否准许撤诉。该学者认为，违法有严重违法、一般违法与轻微违法之程度的不同。对严重违法的行政行为，法院评判比较容易，法官依据书面材料，甚至仅凭原告的起诉材料和一些基本的证据材料，加上自身行政审判的经验，就足以断定该行政行为是否违法或者违法的概率。因此，对于这种明显违法的行政行为，法院应当以驳回原告的撤诉申请为原则；对行政行为违法与否并不明显，行政纠纷案情比较复杂，涉及到的专业性、技术性又比较强，对原告自愿申请撤诉的，以准许为一般原则；对介于这两种情形之间的行政撤诉案件，则由法官自由裁量是否准许原告撤诉。但该学者同时又认为，缘于被告改变被诉行政行为造成原告撤诉的情形较为常见，行政行为的改变影响了行政管理秩序，一定程度上损害了行政主体的行政管理权威，有碍行政行为公定力之法理。基于此，该学者认为，代表国家监督行政主体的法院必须认真对待原告在此种情形下的撤诉申请，具体将对该种情形下的撤诉申请的审查必须从程序和实体两个角度进行全面的、实质性的审查，但仅需对被告改变后的行政行为施以全面的实质性的审查。[11]
上述观点中最为主要的问题在于：对撤诉申请的审查只对被告改变后的行政行为进行全面的实质审查。对改变后的行政行为进行全面的实质审查，是否符合行政诉讼对行政行为的审查程序呢？改变后的行政行为是一个新的行政行为，而对一个新的行政行为在并没有原告起诉的情况下，法院是否有权予以主动审查呢？这又回到了前述的问题了。
其次，改变后的具体行政行为是否要严格遵守依法行政的原则。《撤诉规定》第2条规定：“被告改变被诉具体行政行为，原告申请撤诉，符合下列条件的，人民法院应当裁定准许：……（二）被告改变被诉具体行政行为，不违反法律、法规的禁止性规定，不超越或者放弃职权，不损害公共利益和他人合法权益；……。”其中，被告改变被诉具体行政行为，“不超越或者放弃职权，不损害公共利益和他人合法权益”没有任何问题，但是被告改变被诉具体行政行为，“不违反法律、法规的禁止性规定”，这就产生问题了。至少至今为止的行政法治基本原理所奉行的是法律保留原则，退一步讲至少传统行政行为以及侵害行政必须奉行法律保留原则，例外的只是行政合同和行政指导等新型行政行为可以不受严格的法律保留原则的支配，只要不违反禁止性规定即可。[12]而《撤诉规定》第2条显然是针对所有行政行为的。这与现行行政诉讼对行政行为的审查标准也不符合。[13]
再次，第三人无异议何以成立。在被告改变具体行政行为原告同意而申请撤诉的审查中，有一个条件是第三人无异议。问题在于第三人无异议，是由撤诉申请人举证，还是由被告举证，抑或由第三人主动提出或者由法院主动与第三人沟通。从申请撤诉的角度讲，似乎应当由撤诉人举证，而从行政程序的角度讲，理应由被告举证，因为改变具体行政行为实际上就是作出一个新的行政行为。而根据《行政诉讼法》第三人制度的规定，似乎第三人也可以主动提出。[14]这个问题必须明确规定，否则，不仅第三人无异议的规定毫无意义，而且还会引起循环诉讼。
此外，确立撤诉审查标准还应当考虑被告的利益。现行撤诉制度中几乎没有考虑被告的利益维护，这是不公允的。虽然撤诉中常见的情形是原告利益受损，因而更应当注重原告利益之维护。但也不能完全忽视被告利益维护问题。制度设计以及实践操作中应当根据不同的情况兼顾被告利益的维护。尤其是在原告申请撤诉时，被告已经做过言辞辩论，如果不经被告同意，则不利于被告利益的维护。
（三）法院对撤诉申请审查应遵循什么程序
《行政诉讼法》第51条赋予法院对原告撤诉申请进行审查的权力和义务。法院依法行使对被诉具体行政行为审查的职能，这既是其权力也是其义务。只有经过审查，才能发现被诉具体行政行为是否存在违法或者不当，从而也才谈得上建议被告改变其具体行政行为。这一规定也表明了法院不能随意建议被告改变其具体行政行为，而必须在经过审查之后。也即该规定实际上对法院建议被告改变其具体行政行为所处的程序阶段，即必须是在合法性审查之后，宣告判决或者裁定之前。实践中有的法院为了片面追求撤诉率进而达到调解的目的，往往在立案后并未进入实体审理之前就建议被告改变其具体行政行为。
但是，法院对撤诉申请进行审查是程序审查还是实体审查？传统理论认为只能是程序性的审查，主要是审查撤诉是否是原告的真实意思表示。而对于被诉具体行政行为是否改变以及改变后的具体行政行为是否合法、适当等问题，基于司法的被动性而认为不该审查。《撤诉规定》则突破了传统的理论，不仅要对撤诉申请进行程序审查，还要对改变后的行政行为是否合法、适当进行审查，甚至还要延续到对改变后的具体行政行为是否履行的监督。可见，《撤诉规定》不仅要对原告撤诉进行全面审查，还要对被诉具体行政行为的改变予以规范。其目的在于切实化解行政纠纷，实现真正的案结事了。但是，法院对撤诉申请的审查无论是程序审查，还是实体审查均应当遵守相应的程序规则。
