（四）家庭教会与三自教会
三自教会产生于1950年代，本来是阶级斗争时期党和政府用来联系和团结基督教信教群众的桥梁，在历次政治运动中发挥过极大的作用，为党的事业作出过巨大贡献。但这座1950年代设计、建造的“桥梁”，在新形势下已不适应社会发展与时代变化的需要，无法起到桥梁纽带的作用。桥梁的设计、存在是为党的利益服务的，党没有必要为桥梁的存在牺牲自己的利益。当原有的桥梁失去作用时，应考虑采用其他的可以为党的利益服务的新的形式团结信教群众。家庭教会今日的发展，说明三自教会的历史使命已经基本完成，党需要能够在21世纪为党的利益服务切实发挥作用的更好的形式。如果无视这个变化，坚持要把三自教会这个宗教领域里的“国企”当做政府不可分割的一部分来办，把三自教会等同于政府在基督教中的管理机构，把“办好三自教会”作为遏制家庭教会的对策，其结果不仅办不好三自教会，反而只能刺激家庭教会更快的发展。
家庭教会与三自教会的最大区别不在宗教上，而在办教方式上。虽然某些家庭教会人士认为三自教会中有人信仰不够纯正，或者有自由派神学的影响，但就整体而言，双方在宗教信仰上并无绝对差别，家庭教会与三自教会不是严格意义上的两种宗教、两个教派。事实上，家庭教会大量使用三自教会印刷出版的《圣经》，许多地方双方基层教会的信徒互有交叉、重合，教徒之间并无矛盾。三自教会与家庭教会的不同，主要是教会创立与管理上“官办”与“民办”、“国营”与“民营”的区别。三自教会虽有“三自”之名，并无“三自”之实，各项事务受政府控制，缺乏自主性。此外，各级人大与政协都有三自教会的人士代表基督教参与其中，三自教会的领导人职位越高，政治色彩越浓，三自教会最上层的领袖人物已成为了政治人物（担任全国政协副主席、人大常委等职），但基层的牧师长老对政治并无太大的兴趣。相比之下，家庭教会则是实践“自治、自传、自养”三自原则的群众自办的教会。家庭教会将三自教会看作是政府在基督教界中贯彻其意图的政治组织，而不是宗教意义上的教会，因此不愿加入三自教会。家庭教会不接受的是政府政教不分、“官办教会”的管理模式。
（五）家庭教会与邪教
世界各地的基督教内经常会有新兴教派出现，也会有人以基督教的名义组织膜拜团体即所谓“邪教”。但膜拜团体从来不是基督教的主流。在国内，家庭教会虽然在法律上没有登记注册，在政治上不被政府承认，但在宗教教义上是非常讲究正统的。基督教内各种异端与家庭教会是性质完全不同的两个概念。当社会中正常的宗教需求不能得到满足时，异端、邪教就会作为信仰的替代品出现。对奉行基督教正统教义的家庭教会实行打压禁止，恰恰为“邪教”的滋生、发展，提供了可能性。让家庭教会合法化，是对邪教最好的防范。家庭教会即使在未被政府认可的情况下也是坚决反对和抵制异端、邪教的；一旦得到政府承认，为了自身的利益，家庭教会将会更加积极地抵制邪教。
（六）家庭教会与“宗教生态平衡”
有人提出，家庭教会的发展，是因为整体上具有中国文化传统特色的儒家思想缺失，佛教、道教和民间信仰受到抑制，给了基督教可乘之机。只要国家采取扶持和鼓励中国传统宗教（佛、道、儒和民间信仰）的政策，就可改变目前的宗教生态环境，抑制包括家庭教会在内的基督教的发展。这就是所谓“宗教生态平衡论”。这是一种似是而非的理论。宗教有其自身存在发展的客观规律，对任何一种宗教人为地扶植鼓励或打压从长远看都不会改变其自身的发展规律。官方支持佛、道教和民间信仰并不必然能够抑制基督教的发展，相反，还可能因此而放大这些宗教内部的弊端和负面因素，造成更为严重的恶果。真正的“宗教生态平衡”是不同宗教共存状态下自然调节的结果。特定空间区域内的不同宗教之间是相辅相成的对立统一关系，人为地干预或破坏这种关系是玩火，有可能引发意想不到的灾难性后果。历史上世俗政权的统治者支持或压制某一种宗教的结局都是适得其反。作为执政者，加入宗教竞争之中当运动员，不如置身竞争之外当协调员。
（七）家庭教会的国际影响
家庭教会虽然没有得到政府认可，但在全世界基督教徒的眼里，这并不是一个实质性的问题，因为基督教从诞生之日起就受到当局的严厉镇压。对基督徒来说，世俗政府对基督教的态度并不重要。重要的是，家庭教会作为基督教在中国的一种存在方式，已经得到了世界各国基督教界的公认。迄今为止，世界上没有任何国家、国际组织、宗教团体或基督教人士认为对家庭教会的打压是正确的，国际舆论和世界主流媒体对家庭教会的支持与同情基本上是一边倒，而且一贯如此。尽管美国、西欧国家的某些反华势力总是试图把家庭教会问题作为人权、宗教自由问题用来干涉中国内政、向中国施压，但不能说国际舆论和世界基督教界三十年来对中国家庭教会的共识与同情是美国或几个西方国家操纵的。长期对家庭教会实行打压，在世界各国基督教信徒中不得人心，必定导致国际舆论的负面反应，严重影响我国的国际形象，损害我国的实质利益，是一种战略性的失误。
（八）家庭教会与“×××革命”
近年来家庭教会与政府的冲突时有发生，有的家庭教会（例如北京守望教会、成都秋雨之福教会、广州良人教会、上海万邦教会等）甚至走上街头举行“户外聚会”，这是否表明，家庭教会要在中国与国外的“×××革命”遥相呼应，企图煽动动乱，颠覆中国政府呢？不是的。家庭教会在中国已存在了几十年，它不是国外任何“革命”的产物，而是国内政策不合理、管理体制不适应导致的结果。实际上，无论政府对家庭教会是何态度，家庭教会都会继续存在。国外有无“革命”、有什么样的“革命”，对家庭教会无任何影响。家庭教会的活动是基于其自身利益与宗教诉求的需要，不是为了呼应外界任何个人、组织、国家的需要。如果家庭教会中有人从事政治活动，政府可以对其依法惩处，但不能因此说家庭教会是一个政治组织，其存在是为了政治目的。
