3.牧师匮乏。家庭教会人数庞大，但合格的教牧人员严重不足。许多教会没有牧师，上台讲道者往往不具牧师资格。即使是已经担任牧师的人，也不一定都接受过正规、严格、系统的神学训练。家庭教会由于没有合法身份，不能公开建立自己的神学培训机构，无法通过正常渠道吸引高素质生源，神学教育往往在低水平、低层次上循环。由于家庭教会内部独立分散，无统一的地区与全国性组织，已有的神学培训机构主要依附于一些大型教会并因此受到主办教会局限性的影响。出于安全考虑，家庭教会的神学教育在办学规模和办学方式上不得不遵循“小型、分散、隐蔽、简单”的原则，这些因素严重制约了神学教育的正规化发展，使神学培训机构无法加强师资、图书、设备方面的建设，办学质量难以提高。家庭教会的神学培训目前主要还是以短训班为主，讲员不固定，生源水平参差不齐，教材不统一，无法适应家庭教会快速发展对高素质教牧人员的需要。另一方面，家庭教会也选送了一批人到境外神学教育机构学习，但海外的神学教育体系五花八门，教学目标与教材不一定适合中国基督教的处境，从海外学习归来的人数量有限，短期内也难以在教会内发挥作用。教牧人员匮乏将是家庭教会长期面临的挑战。
4.服务无门。近年来，家庭教会开始尝试参与慈善与社会公益服务，突出的例子是汶川地震救灾过程中家庭教会的积极表现。当时，各地家庭教会纷纷向灾区捐钱捐物，派出志愿者奔赴灾区义务救灾、帮助灾后重建。家庭教会的行动受到了灾区政府和灾民的高度评价，但也有些教会因其在灾区中的宗教活动而受到政府管理部门的关注（例如广州良人教会）。一般情况下，家庭教会由于没有合法身份，很难进入社会公共领域开展公益慈善服务，也无法在社会上以教会名义创办慈善机构。虽然家庭教会完全意识到了教会与社会的关系，也很愿意为中国的社会经济建设作出贡献，但苦于身份问题尚未解决，现在还只能隐身于不为社会公众所知的阴影之中，家庭教会非常希望有朝一日能够走出阴影，进入“阳光”下的社会公共领域，合法地开展社会慈善服务。
二、家庭教会的相关问题
几十年来，家庭教会作为当代中国最大的未经登记注册、未被政府任何机构承认的自发性群众宗教团体，一直在以奇特的方式有效地运转、发展，是中国当代社会中一个非常特殊的现象。围绕如何看待家庭教会，出现了一批争议极大的相关问题，对于这些问题，各方理解很不一致。但要解决家庭教会问题，就不能回避这些问题。
（一）家庭教会的性质
家庭教会是一个什么性质的组织？家庭教会是中国基督教徒的自发的群众性宗教团体。尽管家庭教会没有登记注册，但家庭教会不是政治组织、不是秘密组织、不是境外宗教组织在中国的代理。作为一个广泛存在于中国社会的群众宗教团体，家庭教会有千百万信徒，其中不可避免地有坏人，但绝大多数神职人员和信徒是爱国守法、拥护政府的公民；他们严格遵守基督教的教义教规和道德标准，头脑清楚，信仰明确，自愿加入家庭教会，不是“受蒙蔽的群众”，是人民群众的一部分。家庭教会与政府管理部门的矛盾是人民内部矛盾，不是敌我矛盾，是旧的宗教管理体制不适应群众宗教信仰需求的问题。把家庭教会定性为西方宗教敌对势力渗透的产物或海外宗教敌对势力在中国的代理是没有任何根据的。不能因为家庭教会不参加三自教会就用处理敌我矛盾的办法对待家庭教会，这样做是错误的，是政治上的不负责任，不符合党和国家的根本利益，不符合绝大多数人民的根本利益，不利于巩固党的执政基础，不利于维护社会稳定。
（二）家庭教会的诉求
家庭教会要干什么？家庭教会要聚会，要过宗教生活，要按照教徒意愿，自主进行宗教活动。家庭教会除宗教诉求外，没有其他任何非宗教性的诉求。即使受到长期压制，家庭教会信徒坚持宗教信仰的诉求也没有改变。中国家庭教会的主体是基督教内的福音派。福音派在世界各国家都是社会稳定的因素，他们追求个人信仰的提升（“灵命的增长”），而不是热衷于世俗社会的斗争；他们依据基督教的“国度观”对待“天国”和世俗政府。基于福音派的神学观，利用宗教搞政治的人无法取得家庭教会主体的支持，家庭教会没有也不可能成为为其他社会利益集团服务的工具。那种认为家庭教会是“搞政治”或要将其行动“政治化”的说法，是对基督教福音派和家庭教会最大的误读。
（三）家庭教会的底线
家庭教会的底线有两个，一是在任何情况下（包括教会组织被取缔、神职人员被关押判刑）绝不加入三自教会；二是要求教会的内部事务（人事、教务、财务）不受任何外部势力的干扰、控制。家庭教会的这两个底线不仅有利益上的现实考虑，而且有着深刻的宗教原因与神学依据，一定程度上已经成为家庭教会信仰的一部分。两条底线实际上都是为了保持教会的独立性，也是其存在的最大理由，因此家庭教会在底线问题上不会妥协，也不能妥协。对家庭教会来说，是否接受和承认政府领导，不是问题。虽然政府不承认家庭教会，但家庭教会从来都是承认政府的，是愿意接受政府领导的。双方在家庭教会身份的合法性上有分歧，但在对政府的权威上没有异议。政府的底线如果是要求家庭教会接受政府领导，家庭教会完全顺从。但政府如果以家庭教会是否加入三自教会作为承认家庭教会的前提标准，由于家庭教会不承认三自教会，不认为三自教会等同于政府，因此不可能接受这个标准。政府如果坚持这个要求，就会处于与家庭教会完全对立的状态之中。
