家庭教会的人数没有确切统计，政府管理部门认为家庭教会不超过几百万（中国三自教会公布的成员数字为1600~1800万，中国社科院宗教所《2010年宗教蓝皮书》估计的中国基督教徒总数为2305万。按此计算，家庭教会的总数只有500~700万）；海外基督教传教机构宣称的数字在6千万到1亿多之间；国内学术界比较流行的看法是五六千万，人数多于三自教会。无论哪种数字，都缺乏科学意义上的统计依据。但家庭教会继续在发展，中国基督教内最大的问题是家庭教会问题。对此，政府管理部门、宗教界和学术界非常清楚，无人否认、没有异议。
在国际上，家庭教会问题始终受到欧美等国及国际基督教界的高度关注，是中国与西方国家在人权、宗教领域内相互博弈的重要内容。
（二）家庭教会的成因
长期以来，官方关于家庭教会成因的说法主要有三条：西方渗透说；文化教育科学技术落后说；基层政府管理薄弱说。在此基础上，一些学者加上时代变迁、人口流动、各地特点以及宗教生态环境等因素，就变成了分析家庭教会成因的思维定式和定论。但这套说法回避了问题的实质，没有提供科学的回答。事实上，家庭教会从孕育、出现到发展为今天的规模，经历了漫长而复杂的过程，是多种因素在我国社会特定历史条件下共同作用的综合反映，这些原因的主次、性质、类型、作用时期等均不相同，其中最主要的有以下几个方面：
1.政治高压。中华人民共和国成立初期，中国基督教界吴耀宗等人联名发表“三自宣言”（自治、自养、自传），在基督教内部发起爱国反帝运动，成立三自教会，教会人士面临政治风暴，后来又经历了肃反、反右等一系列政治运动，王明道、倪析声、敬奠瀛、陈崇桂、杨绍唐、贾玉铭、毕咏琴、袁相忱、林献羔等一大批有影响、有威望的中国基督教领袖相继受到批判、整肃或被边缘化。政治高压导致教会出现分化，继续追随被整肃的基督教领袖的部分信徒逐渐在三自教会之外形成了有特色的松散信仰群体，为日后家庭教会的产生、发展奠定了思想与组织基础。1950年代后期，社会上与基督教内的阶级斗争、政治斗争越搞越严重，温州等地甚至出现了以消灭教会为目标的“无宗教区、县”实验。1960年代~1970年代，对基督教的打压达到登峰造极、无以复加的地步，基督教处于被绝对禁止的高压之下，许多信徒产生逆反心理，反而变成了自觉维护基督教信仰、积极传福音的“非法传道人”。政治打压基督教的反作用力导致了信徒特殊的表达途径，以秘密方式进行活动的家庭教会雏形开始形成。1970年代后期，国家拨乱反正，允许宗教恢复活动，家庭教会也得以迅速发展。1980年代~1990年代，政府以打击“呼喊派”、“全范围”等基督教新兴教派团体为名，以搞运动的方式，在全国范围内对基督教中的“非法组织”、“非法传道人”和“私设聚会点”组织过大规模的清理，一度在局部地区遏制了家庭教会快速发展的势头。但每次打压过后，都产生了严重的反弹，就全国而言，家庭教会在打压之后得到了更大的发展。
2.行政管理。我国的宗教管理体制模式是1950年代初从苏联搬过来的，特点是政教不分、通过行政机构、行政手段对宗教团体的人事、财务、教务进行管理。久而久之，政府管理下的宗教团体变成了政府的下属，事事听命于政府。宗教团体政治化、官僚化、机关化色彩十分浓厚，宗教权威严重下降，逐渐变成了宗教领域内国家扶持的“国营企业”。基督教三自教会就是这种宗教管理体制下政教不分、官办教会的典型产物。三自教会忠实贯彻政府的政治意图，教徒必须在政府指定的场所进行宗教活动，牧师要经过政府批准。因此，三自教会尽管在政治上得到了政府的强力支持，但在宗教教务、文字出版、神学教育、国际交流与人事安排上并无自主权，甚至在对属于教会自己的财产上，也没有多少支配权，许多教产至今无法收回。政府对三自教会全面严格的行政控制导致许多信徒对其严重不满、抵触反感。政教不分的宗教行政管理体制使三自教会失去了教徒的宗教认可，大批信徒转向了不受政府控制相对自由的家庭教会，以控制为目标的政府宗教行政管理体制，客观上促成了家庭教会的发展。
3.神学分歧。中华人民共和国成立初期中国基督教内有大大小小几十个教派，各教派在神学上各有特色；此外，还存在着以圣公会、长老会、卫理公会、浸礼会、信义会等大教派为代表的“大公会”和以自立会、耶稣家庭、真耶稣会、聚会处、安息日会等为代表的本土派教会及小教派的矛盾。三自教会成立之后，中国基督教内掌权的是以吴耀宗、丁光训为代表的“大公会”和基督教外围组织青年会人士，强调虔诚信仰的本土派教会与小教派对大教派的挤压及其所持的自由派神学观极为不满，他们将吴耀宗等人称为“不信派”，不愿意在神学观上向“大公会”和“不信派”妥协，不接受大教派对中国基督教领导权的垄断，与以大教派背景为主的三自教会高层领导之间对立严重。1958年三自教会在全国范围内搞“联合礼拜”，处于少数地位的教派传统与神学观自然被处于优势地位的大教派的传统所取代，竭力想要保持教派特色的本土教派和小教派对此再也无法忍受，只好与大教派控制的三自教会分道扬镳，成为从宗教上和三自教会保持距离的特殊群体。这是家庭教会产生的另一个重要原因。
4.堂点不足。1958年在全国基督教中搞的撤并教堂、“联合礼拜”运动是对基督教的毁灭性打击。该项运动之后，教堂数量大幅锐减，原有教堂多数被改做它用，各个城市仅存的几个象征性的教堂根本无法满足广大教徒聚会的需求，教堂数量少、布局不合理、供求严重失衡。为了满足信仰需要，许多教徒开始在自己家里聚会，自发建立与教会没有关系的“聚会点”。经多年发展，聚会点逐渐扩大为“家庭教会”。近十年来，基督教信徒人数急剧增加，现有教堂严重不足、信徒聚会不便成为各个城市存在的普遍现象，但政府认可的三自教会要建新堂涉及征地与费用问题，到处盖教堂极不现实；有些教会在城市改造、扩建中甚至无法保住原有的教产，要适应不断增长的信徒群众对宗教活动场所的要求，几无可能。与此同时，家庭教会因陋就简，利用各种形式或租或购为信徒提供了就近进行宗教聚会的场所，极大地方便和满足了群众的宗教需要，这是近年来家庭教会发展的一个非常实际的原因。
