一般认为，政教分离原则在宪法中得到确认的首先是美国。建国初期，为了防止产生国教和造成宗教之间、教派之间的不平等，1787年通过的宪法第六条规定，禁止对出任公职者进行宗教方面的测试。1791年通过的宪法第一修正案规定：“国会不得制定设立宗教或者限制其自由实践的法律……”1802年托马斯·杰弗逊在给康涅狄格州丹伯里浸礼会教友协会的一封信中写道，宪法第一修正案反对由法律建立宗教，就是为了在国家与教会之间树立一道“隔离之墙”。从此后200多年的历史看，在一个有着强大宗教传统的国家，在政教之间筑起一堵“隔离之墙”有其积极意义，但完全的隔离又是如此之难。美国许多人至今还在争论，政教之间到底应该是“一堵墙”还是“一张网”？
欧洲的情况更为复杂。历史上，一些欧洲国家皇权（王权）与教权的斗争十分激烈，双方都想绝对地控制对方，获得世俗和精神两界的完全权力，结果是政权与教权之间无休止地进行争夺，给国家、社会和人民带来无尽的灾难和痛苦。现代欧洲国家虽然主张政教分离，但实际上并不彻底，一些与政教分离原则相悖的现象依然存在。英国、冰岛、挪威、丹麦、芬兰、马耳他、列支敦士登、希腊等国家，至今还保留国教或者官方宗教，虽然被认为只具象征意义，但作为国教或者官方教会仍然享有一些特权。如英国圣公会20多位主教因在教会中的地位，自动享有英国议会上院议席；挪威宪法规定，“在内阁成员中，信奉国教者应占过半数”；希腊正教会是唯一拥有“公共法人”资格的宗教团体。保加利亚、俄罗斯、法国等欧洲一些国家的宪法明文规定政教分离，事实上国家对各宗教并不一视同仁。如保加利亚宪法规定“宗教机构与国家分离”，但又规定“保加利亚共和国的传统宗教是东正教”，东正教享有比其他宗教优越的地位；俄罗斯宪法规定“宗教团体与国家分离”，但事实上把东正教置于主导宗教地位，在国家政治生活中其他宗教无法与之比肩；法国的政教分离模式被西方一些学者认为有些苛刻，但天主教享有事实上的优越地位。
