先来看有关专利侵权诉讼的相关情况。如前所述，一旦专利权授予之后，宣告专利权无效的决定应当由特许厅的审判部做出，法院在专利侵权诉讼中通常不去质疑专利权的有效性。当然，这并不意味着法院在审理活动中，即使发现原告的专利技术是公有领域中的技术，或者原告的专利权存在着重大瑕疵，仍然昧着良心去实施有关的专利权，例如判决被告侵权，责令被告停止侵权或者支付损害赔偿。在这方面，法院在司法实践中发展出了两个相互补充的理论。
一是公有领域技术抗辩理论。具体说来，法院在侵权诉讼中，允许被告提出公有领域技术的抗辩，并且将公有领域的技术排除在专利权的范围之外。在此过程中，法院通常是竭力缩小专利权的保护范围，甚至将专利权的保护范围缩小到某一个实施例{1}{2}。这样一来，只要被控侵权人的产品或者方法没有落入该实施例，就不构成侵权。
二是滥用专利权的理论。按照这个理论，如果专利技术中含有公有领域中的技术，当第三人实施该公有领域技术的时候，专利权人不得实施自己的权利，包括不得发出侵权警告，不得提起侵权诉讼。如果在这种情况下专利权人提起了针对第三人的侵权诉讼，法院就会判定原告“滥用专利权”，并做出有利于被告的判决{2}。
显然，无论是公有领域技术抗辩的理论，还是滥用专利权的理论，都是法院在不触及专利权有效性的前提下，对于被控侵权人予以必要保护的理论。这一方面说明，行政权力与司法权力有着明确的界限，法院不得逾越自己的权限，质疑行政机关授予之权利的有效性。而在另一方面，公有领域技术抗辩的理论和滥用专利权、商标权的理论，又反映了司法机关不得已而为之的创新，并由此而达成了法律上的某种平衡。
那么，行政权力与司法权力的这种划分，是否恰当呢？对此，日本不断有学者提出质疑，认为不应该因为行政权力与司法权力的划分，就让专利权人或者被控侵权人承受不必要的损失。很多人建议日本应当修改法律，像美国那样，让法院在侵权诉讼中可以直接判定专利权是否有效，并进而做出相应的判决。
到了2004年，日本国会终于修改了专利法，允许法院在专利侵权诉讼中，直接裁定有关的专利权无效。根据修改后的专利法第104条之3,在有关专利权的侵权诉讼中，如果原告的专利权“应当在无效程序中被宣告为无效”，则专利权人不得针对被告实施自己的专利权[15]。值得注意的是，这里所说的如果该专利权“应当在无效程序中被宣告为无效”，是由审理案件的法院来认定，并非等待特许厅审判部作出无效裁定。根据日本学者的观点，这里虽然没有直接使用“法院可以宣告专利权无效”的术语，但其真实的效果则是由法院根据相关的事实，宣告专利权是否无效[16]。这样一来，在事实上宣告专利权无效的权力，就从行政机关的手中转移到了司法机关的手中[17]。应该说，这样的规定既简化了程序，又为当事人节省了时间和成本，值得肯定。
