一是补偿标准的缺憾尚多。首先，补偿标准确定不公。征收与补偿是唇齿相依，补偿是征收的核心，可是，补偿标准的依据既难寻客观标准，也没有法律规定，还是沿用计划经济时代的做法，以成本补偿为依据，由政府确定，造成实际补偿的是房屋残存价值，没有对房屋的区位、用途、面积、土地使用权等因素综合考虑；其次，补偿项目罗列不全。征地拆迁补偿项目不同程度地存在着随意性大和抚慰色彩浓的特点，象室内外的特色装修、搬迁后新居住环境造成生活、就业、子女上学等增加的支出以及可预期利益等较多项目还未纳入补偿范围，极大地损害了被拆迁人的利益；再次，标准修订严重滞后。补偿标准确定后，一般要经过3年或者5年才修改一次，实际补偿时，房屋的价值往往随着时间的推移和物价指数的改变与标准形成较大反差，损益不相当，群众无法接受。
二是补偿安置的方式欠妥。政策虽然规定了多种补偿安置方式，但实践中政府一般只采用单一的货币安置方式，即政府低价从被拆迁人手中一次性买断房屋，被拆迁人自己负责安排居所及生活。可是，由于被拆迁人难以维持原有生活水准，尤其是户口已转城的农民，他们既不能按城市房屋拆迁标准获得补偿，又无法再次获批宅基地使用权，真是苦不堪言，所以这种“一脚踢开”式的“强制购买”，使被拆迁人极为不满，从而抵制征地。
三是实际补偿的差距过大。实践中，邻地同期的征地拆迁补偿标准不同的现象大量存在。一般来说房产开发的补偿高，土地储备的补偿少；急着用地的补偿高，暂时闲置的补偿少；有主用地的补偿高，政府开发的补偿少；关系好的补偿高，没有关系的补偿少；拖延哭闹的补偿高，好签协议的补偿少，补偿差距少则几万，多者十来万，甚至数十万，极为不公。这种现象的原因虽然是多方面的，但与政府过于追求片面利益是密不可分的，所以政府有时就一味迁就不同被拆迁个体，采取暗补的办法，尽可能满足他们的各种请求甚至非份要求，从而导致不正当差距的出现，也诱导更多的被拆迁人去非理性讨价还价，加重拆迁难度。
四是补偿争议的救济途径单一。尽管征地拆迁的纠纷不少，可是通过法律程序解决的极少。究其原因是虽然补偿争议的裁决权赋予了批准征地的人民政府，但是现行的法律法规并没有对具体操作作出明确规定，在实践时有许多困难。并且，这类纠纷还不能通过民事诉讼的方式解决，法院只能以行政诉讼受理，也就必然导致人民政府的裁决成为法院审理征地拆迁补偿案件的前置程序，事实上限制了司法救济的介入。
（四）征地拆迁的司法支持问题。
征地拆迁的法律关系比较复杂，不仅涉及到私有财产保护和公共福利改善的关系，还涉及到国家公共政策与私权保护冲突的价值选择，是一个复杂的社会系统。因此人民法院在执行征地拆迁非诉行政执行案件中，承受了太多的压力，遇到了前所未有的困难。
