《两岸条例》颁行后，大陆方面并未就台湾地区生成的民事判决或仲裁裁决在大陆的认可与执行在法制上做出相应响应。[5]因此，台湾地区又于1997年5月14日对该条加以修订，增加了新的款项，即增加了该条第3款：“前二款规定，以在台湾地区作成之民事确定裁判，民事仲裁判断，得申请大陆地区法院裁定认可或为执行名义者，始适用之。”新增款项以“得申请裁定认可为执行名义”为条件，“同时亦在呼应对岸作出明确与同等之对待。”[6]这实际上就是要求大陆在认可和执行民事判决或仲裁裁决方面提供互惠。因此，最高人民法院在1998年5月颁布实施了《关于人民法院认可台湾地区有关法院民事判决的规定》。[7]该规定颁布实施不久，浙江省台州市人民法院即裁定认可了台湾南投地方法院作出的一份民事裁定。这是大陆地区法院首次认可台湾地区法院民事裁定的法律效力。[8]台州市人民法院对台湾法院民事裁定的认可，使得台湾《两岸条例》中规定的互惠条件得到了满足。
与《两岸条例》相配套的《台湾地区与大陆地区人民关系条例施行细则》于1998年5月6日作了修正，其中第54条规定：“依本《条例》第74条规定，申请法院裁定认可之民事裁判、民事仲裁判断，应经行政院设立或指定之机构或委托之民间团体验证。”据此，大陆地区作出的民事判决和仲裁裁决要经过台湾海基会的认证。
（二）《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》
为保障海峡两岸人民的权益，维护两岸交流秩序，大陆海峡两岸关系协会会长陈云林与台湾海峡交流基金会董事长江丙坤于2009年4月26日在南京签署了《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》（以下简称《司法协议》）。该协议合作事项包括：(1)共同打击犯罪；(2)送达文书；(3)调查取证；(4)认可及执行民事裁判与仲裁裁决（仲裁判断）；(5)移管（接返）被判刑人（受刑事裁判确定人）；(6)双方同意之其它合作事项。《司法协议》第10条“裁判认可”中规定：“双方同意基于互惠原则，于不违反公共秩序或善良风俗之情况下，相互认可及执行民事确定裁判与仲裁裁决（仲裁判断）。”《司法协议》第15条“不予协助”的规定是，“双方同意因请求内容不符合己方规定或执行请求损害己方公共秩序或善良风俗等情形，得不予协助，并向对方说明。”
