其次，有助于兼顾诉讼诸价值目标的实现。现代诉讼的价值包括实体公正、程序公正和诉讼效益。司法机关应当坚持三种价值的统一。当三者有矛盾和冲突时，应坚持价值衡平原则，兼顾三者的关系。撤诉权作为公诉权的内容之一理当服从于上述价值目标。我国刑事诉讼法规定，审判程序分为庭前审查程序和开庭审理程序。开庭审理程序大致又可分为开庭、法庭调查、法庭辩论、被告人最后陈述、评议和宣判五个阶段。在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，庭审活动宣告结束。经过一系列的庭审活动，被告人的犯罪事实是否清楚，证据是否确实、充分，控辩审三方均已做到心中有数。进入评议时，合议庭应当根据已经查明的事实、证据和有关法律规定，并在充分考虑控辩双方意见的基础上进行评议，从而确定被告人是否有罪，应否追究刑事责任，有无从重、从轻、减轻或者免除处罚的情节。此时作为公诉方也应当对庭审活动进行总结，对案件的结局加以预测、判断。一旦出现撤诉事由的，应当及时向合议庭提出撤诉申请。只要合议庭或审判委员会尚未对案件作出决定，没有对被告人的实体问题作出裁判，检察机关撤诉就谈不上公诉权干涉审判权。如果将撤诉时间限制在开庭审理前，虽说有助于提高诉讼效益，减少司法资源的浪费，但由于案件尚未进入庭审，从实践看，是否存在撤诉条件往往难以判定，如此限定将使撤诉制度的价值大打折扣。至于将撤诉时间限制在法庭辩论结束之前，还是被告人最后陈述以前，并没有实质性意义。而一旦合议庭或审判委员会作出判决之后，还允许检察院撤诉，则必然侵犯审判权，有悖程序公正。再说，从诉讼经济角度看，既然法院已作出判决，只需定期宣判一下，案件即告审结，何需再让检察院撤诉后处理呢？可见，根据现行审判程序，将撤诉时间限定在合议庭或审判委员会作出判决之前，能较好地实现实体公正、程序公正和诉讼效益的统一，也符合司法实践的客观需要。
再次，有利于保护被告人的合法权益。撤诉的意义之一在于更好地保护被告人的合法权益。如果撤诉恶化被告人的诉讼地位，损害被告人的利益，这种撤诉应予否定。在合议庭或审判委员会作出无罪判决之后，仍允许检察院撤诉，不仅使被告人无法获得一个权威的法律裁决，使其及时摆脱刑事追究，早日从诉讼中解脱出来，而且有可能导致被告人得不到刑事赔偿。因为撤诉后，检察院要么撤销案件，要么不起诉。如果检察院是以证据不足为由作出撤案或不起诉，那么根据最高人民检察院2000年11月6日颁布的《人民检察院刑事赔偿工作规定》第8条规定：“证据不足的撤销案件、不起诉或者判决无罪的案件，应当由人民检察院分别下列情形对检察机关做出的逮捕、拘留决定有无侵犯人身权情形依法进行确认：（一）对不能证明有犯罪事实或者不能证明有犯罪重大嫌疑的人错误拘留的，予以确认；（二）对不能证明有犯罪事实的人错误逮捕的，予以确认；（三）对有证据证明有部分犯罪事实的人拘留、逮捕的，或者有证据证明有犯罪重大嫌疑的人拘留的，不予确认。”也就是说，对因犯罪事实不清、证据不足而被撤案、不起诉的案件，应否赔偿，人民检察院应当区分不同情况依法确认。［13］凡拘留、逮捕时是符合刑事诉讼法规定条件的，即使最终因犯罪事实不清、证据不足而被撤案、不起诉的也不予确认，即不予赔偿。而根据最高人民法院1996年5月6日制定的《赔偿委员会审理赔偿案件程序的暂行规定》第3条第1项规定：“经依法确认有国家赔偿法第15条、第16条规定的情形的法律文书，包括：人民法院一审宣告无罪并已发生法律效力的刑事判决书、人民法院二审宣告无罪的刑事判决书、人民法院依照审判监督再审宣告无罪的刑事判决书、人民检察院不起诉决定书或者公安机关释放证明书”。即只要具备上述审判解释所列法律文书或证明材料就应视为请求赔偿的被侵权事项已被依法确认，应予赔偿。所以撤诉后，检察机关对被告人作存疑不诉的，尽管最终也是对被告人作无罪处理，但在赔偿问题上两家处理并不一样。在法院可以依法得到赔偿的，在检察院可能得不到赔偿，给被告人徒增索赔的难度。由此可见，在法院作出无罪判决之后，不准撤诉更有利于保护被告人的合法权益。
