（四）监督效果不明显。修改后的刑法、刑事诉讼法实施后，最高检曾多次发文要求加强刑罚执行监督工作，并通过驻监（所）规范化建设这一活动来推动监督工作的有效进行。但由于监督机制本身缺陷，监督效果并不明显。如1997年—2000年全国监所检察部门四年间发现违法减刑、假释、暂予监外执行4355人，提出书面纠正意见2084件。这不仅表现为数量偏少（而在2000年检察机关就通过立案监督促使公安机关立案20809件，通过审判监督抗诉3798件），而且检察机关提出的仅仅是“纠正意见”，这些问题是否已得到纠正？纠正得如何？并没有获得令人满意的结果。为了弥补日常刑罚执行监督的缺陷，各地都不时开展专项执法检查。通过检查发现刑罚执行中存在的问题是比较严重的。2000年9月浙江省检察院监所处对湖州市所辖的长兴、德清两县看守所1991年以来保外就医罪犯22名进行检查，发现对保外就医实体条件掌握不严的有12件，占总数的55%，程序不符合规定的有8件，占36%。近年检察机关查办徇私舞弊违法减刑、假释、暂予监外执行案件明显偏少（如浙江衢州市下辖四个省属监狱、五个看守所，1997－2000年未办理过一件此类案件），与行刑过程腐败现象的严重程度及广大群众对“前门进，后门出”的不满呼声不相适应。近年最高人民检察院又采取一些新的举措以推动刑罚执行监督工作，但监督效果不明显的问题依然严重。
（五）难以形成监督合力。目前检察机关内部有四个部门分别承担着不同的刑罚执行监督任务。由于部门分散，人员参差不齐，监督合力难以形成。作为专门行使刑罚执行监督任务的部门——各基层监所科，实际上只承担着对“五种人”（判处管制、剥夺政治权利、宣告缓刑暂予监外执行、假释等五种罪犯）的执行监督，而对这“五种人”的检察监督每年进行1—2次集中检查，日常监督工作量小，造成人力资源浪费。而各驻监（所）检察室则承担着繁重的监督任务，由于人员少，工作量大、条件艰苦，不少监督任务只好应付了事。各驻监、驻所检察室（有的地方是派出检察院）都是各级院派出机构，他们与本院内设监所检察部门只存在业务指导关系，但由于两者属同级部门，无行政隶属关系，两者在配合协调等方面存在诸多矛盾，直接影响监督效率。20年的监所检察工作实践表现，纠正违法与查办罪案是相辅相成、互相促进的。但1998年6月以后，最高检调整内设机构对自侦案件的管辖，即原属监所检察部门管辖的发生在监管场所和刑罚执行过程中的贪污贿赂挪用公款及滥用职权、玩忽职守案件划归反贪和渎职犯罪侦查部门管辖。这不仅直接影响查办监管场所贪污贿赂渎职犯罪案件的及时性，而且大大削弱了监所部门执法监督力度。管辖范围调整后，监管场所查办贪污贿赂案件大幅度下降，表明这一管辖范围的调整是不利于强化执法监督的。
