如果企业不严格按照国家规定设计和运行内部控制，在内部控制的设计和运行上出现薄弱环节，就会给犯罪分子可趁之机，就可能发生贪污、挪用等犯罪行为。比如出纳人员兼任债权债务账目的登记工作，出纳人员就可以方便地侵吞债权或虚构债务；又比如，如果一人保管支付款项所需的全部印章，就容易发生侵吞尤其是挪用公款的犯罪行为。因此，司法实践中，可以运用内部控制评估程序，找出内部控制的薄弱环节，再紧紧围绕该薄弱环节审查相关账目，从而使查账有的放矢，对提高查账的效率和效果均大有裨益。
内部控制评估的方法主要有三种：一是讯（询）问法。通过讯（询）问犯罪嫌疑人、企业负责人、财务部门人员、生产销售人员、仓库保管人员等，可以了解企业有哪些内部控制，以及内部控制是否有效运行。二是检查文件和资料法。对于比较规范的企业，一般存在完整的内部控制文件和资料，如岗位责任制、董事会、监事会议事规则、资金支付审批办法等等，通过检查这些文件和资料，可以了解企业内部控制的设计和运行情况。三是实地观察法。实地观察也是了解企业内部控制设计和运行情况的重要方法。比如，可以实地观察原材料入库前是否有专人验收，采购与验收是否分离等。
在使用内部控制评估法时，要注意以下几个方面的问题：一是三种方法要结合运用。每种方法都有其局限性，如对于讯（询）问法，存在被讯（询）问人不讲真话的可能；对于检查文件和资料法，可能存在小规模企业没有内部控制文件和资料的问题；对于实地观察法，则可能存在观察时与不观察时不一样的问题。只有三种方法结合运用，才能最有效地了解企业的内部控制情况。二是与侦查程序中的讯问犯罪嫌疑人、询问证人、扣押书证物证等紧密联系，在侦查程序中有意识地了解企业内部控制情况，可以起到一箭双雕、事半功倍的效果。三是注意了解的范围。并非所有的企业内部控制情况都需要了解，如防止材料浪费的控制措施就与反贪查账无关，不需要了解。一般来说，只要了解与职务犯罪紧密相关的内部控制就足够了。
（二）分析程序
所谓分析程序，指利用财务数据之间和财务数据和非财务数据之间的关系，找出异常情况的程序。如某企业的银行存款不断增加，而利息收入不增反减，对比分析银行存款和利息收入两个数据，可以符合逻辑地得出结论：如果不存在利率大幅度下降等合理原因，利息收入的账务可能存在异常情况。
司法实践中的一些案件，通过内部控制评估以及线索分析，可以确信会计资料上存在舞弊和贪污事实，但难以确定是在哪些会计项目上存在舞弊。由于企业尤其是大型企业的会计资料浩如烟海以及司法资源的有限性，要对所有的会计资料进行审查是不现实的，因此，明确查账的方向至关重要。运用分析程序，可以发现异常的项目，导致项目异常的原因很多，但舞弊往往是最重要的原因之一。详细审查异常项目资料，往往就能发现会计资料上的舞弊事实，因此，在反贪查账中运用分析程序，具有非常重要的意义。
