在审判阶段：法官对于当事人的辩论，“辩而不论”、“听而不取”，“审而不判、判而不审”。由于实践中的审判委员会是由院长主持，但又必须由检察长（一般是一位同级副检察长列席），因此，即使是冤案，可能也会半推半就，任由检察机关操作、指控；即使检察长也赞同无罪，在实践中，最初启动案件程序的公安机关的最高首长是公安局长，他一般兼任当地党委的政法委员会书记，进入党委常委班子，这意味着无论是检察长还是法院院长，都必须听命于这位公安局长的意志，甚至是主动迎合。我们很难说公安局长兼政法委书记一定蓄意制造冤案，制造冤案的官员，不是看不到案情的真相，也不能说他们天性本恶。问题在于一旦事后发现问题，由于中国当前落后的侦查能力和与之必然配套的强制措施和长期羁押共同导致的被告人所需要的国家赔偿和外界舆论压力，真实的利益使他们不能面对真相，否则自身难保。他们的眼睛看到了什么，并不依据真相如何，而是依据利益的所在。侦查机关和司法机关往往“一条黑路走到底”，将错就错，拒不认错。
即便是上级法院，对于下级法院的“监督”职能与“领导”职能并无区别。由于下级法院不愿承担“错案追究制”的后果责任，往往是先请示汇报再决定判决。其结果是被告人上诉只具有形式意义。退而言之，即便一审法官没有向上级法院请示汇报，但上下级的熟人关系远远比与被告人的关系亲密百倍，作为上级法院的法官，在每一个案件要改判无罪或罪轻之前，无不斗争良久，不敢轻易下判。换言之，每一个改判可能导致的后果，都足以令人为了各种公私交织的利益权衡再三。
可见，由于公检法三机关之间，无论是在制度内还是在制度外，都缺乏有效的监督制约，加之背后的利益机制无时不刻的潜滋暗长地如同影子，无处不在，程序的所谓“变形”也就不足为奇了，冤案当然也就容易发生、难以纠正了。
三、伸冤者与致冤者的资本较量
在伸冤者与致冤者的博弈中，伸冤者由于天然的处于绝对劣势地位，其社会资本远远弱于致冤者本人及其代表的国家机器。由于双方无休止的投入，最后，这场博弈成为“凡尔登绞肉机”，等待最后一根稻草来压垮对方。正如美国的中国法律史学者安守廉认为，杨乃武与小白菜案反映出一些不当的政治性影响对于清末常规刑事司法过程所造成的侵害。[4]这些因素的介入过多地依赖了当事人所掌握的资本，正如举人杨乃武可以凭借各种资本来积极推动冤案平反的进程，而民妇葛毕氏只能选择沉默而被动地等待机遇到来。这种资本占有的不平衡状况极易导致司法的不公正，有时甚至产生新的冤案。
