第二，立案标准太高。根据《刑事诉讼法》第86条的规定，检察机关自侦部门在对举报线索或者立案材料进行审查和初查以后，要想做出立案的决定，必须同时符合下列两个条件：第一，有犯罪事实；第二，需要追究刑事责任。根据理论界的解释，“有犯罪事实”是立案必须具备的事实条件，它包括两方面的含义：一是在刑事诉讼中，需要立案追究刑事责任的必须是依照刑法规定构成犯罪的行为，而非一般的违法行为；二是犯罪事实必须有一定的证据予以证明，而非出于主观想象或者猜测，也不是道听途说、捕风捉影或者凭空捏造的事情。“需要追究刑事责任”是立案必须具备的法律条件，是指行为人的行为已经构成犯罪，并且依照法律规定应当追究其刑事责任，即现有证据证明行为人所实施的犯罪行为不具有无罪或者不予追究刑事责任的法律依据。[2]显而易见，对于初步接触案件而尚未深入展开调查的检察机关自侦部门来说，上述立案标准不可谓不高。从理论上讲，在我国目前没有对强制性的侦查行为实施严密的司法控制的情况下，规定较高的立案条件是希望通过对立案设置较高的门槛来限制符合一定条件的案件进入到刑事诉讼中来，强化立案的屏蔽功能，防止因国家追诉权的扩张而危及公民的正常生活。[3]尽管这种做法具有一定的道理，但从刑事诉讼的一般规律来看，现行刑事诉讼法规定过高的立案标准未必科学。因为，根据认识论的一般原理，司法机关对犯罪案件的认识是由浅到深、由知之不多到知之较多、由错误到正确的辩证发展过程。按照现行刑事诉讼法以及最高人民检察院司法解释的规定，由于检察机关自侦部门在侦查程序之前只能采取普通的调查措施，而无法采取正式的侦查手段和强制措施，再加上举报线索的质量偏低等方面的限制，因此，要想使检察机关自侦部门在立案阶段就对是否有犯罪事实以及是否需要追究刑事责任做出准确的判断，显然是强人所难。
第三，立案指标考核容易产生一些负面影响。长期以来，为了掌握犯罪案件的基本规律或者发展态势，或者为了对检察机关自侦部门的立案工作起到督促作用，立案率常常成为各级检察机关考核侦查工作质量高低的一个重要指标。但是，这种做法的科学性值得商榷，并有可能给腐败犯罪的司法控制造成误导。一方面，“为了追求立案数量，案件立起来就不能撤，形成撤案即错案的观念。因为一些正常的撤案被说成错案，结果一些错案也将错就错，造成不敢纠正的情况发生”。[4]这显然不利于保障犯罪嫌疑人的合法权益。另一方面，立案数量的多少很难同实际发生的腐败犯罪案件数量划等号。因为，在强调立案指标考核的情况下，腐败犯罪案件的立案数量往往存在较大水分。尤其是在不破不立、先破后立的情况下，立案数量更难反映腐败犯罪的真实情况。在这种情况下，如果过于信赖立案数量，就有可能给腐败犯罪司法控制的政策制定造成一定的误导。
