财务会计。政府以营运拨款、设施经费支持法人的正常运行。运营拨款的使用不受年度预算制度的限制，年度剩余的资金经评价委员会认可，可以在计划使用目的内使用。另外，捐款、手续费等独立行政法人的收入不计入政府岁入。独立行政法人采用企业会计准则，不适用行政机关的会计法、预算决算及相关会计法令。不过，考虑到其不属于以收益为目的的营利法人，而未全部适用企业会计，根据独立行政法人的特性，对企业会计准则进行适当的修订，以发挥政策性、公益性效果，同时尽量确保财务透明化。此外，尚需提供“行政服务成本计算表”，明确反映在其执行的业务中国家所负担的全部成本。如果独立行政法人接受政府以土地、设施等有形物作为出资时，则需要制成租借对照表，以时价估算，方能无偿使用。
信息公开。《独通法》明确规定，凡法人业务、理监事的任命与解职、业务方法书、中期计划、年度计划、事业报告书、财务报表、决算报告、理监事及职员报酬标准、勤务条件等营运有关事项文件，应积极提供咨询，确保业务透明，订定独立行政法人信息公开法规相关事宜。
就制度改革成效而言，虽然日本政府在改革伊始雄心勃勃，建立了较为完善的法律监管体系。然而，由于工会反对和各方势力的抵触，2003年独立行政法人的基本体制产生方向性的改变，第一批启动的独立行政法人几乎都选择了公务员型，迫使日本政府提前于2004年重新调整组织与业务，与原本《独通法》的设计大不相同。由此，日本的独立行政法人改革因未能固守改革设想，而最终落入“虎头蛇尾”的结局。
三、美国的准政府机构与政府性公司
人们通常认为，美国信奉市场理念，政府部门与私人部门之间界分清楚，但实际上，美国在政府机关之外存在大量执行公共政策和履行指定给传统行政部门和机构的职责的混合型组织。在联邦政府层面上，这些混合型组织的类型和功能不尽一致，主要包括两大类别：一类是“准政府”机构（QuasiGovernment），另一类是政府性公司（Government Corporation）。{4}
无论是准政府机构，还是政府性公司，皆难以精确定义。准政府机构是与政府有一定的法律关系，但其关系相对微弱的组织或团体，大体上包括5类机构：一是政府支持企业，例如在金融危机期间备受争议的房利美（Fannie Mae）与房地美（Freddie Mac）；二是联邦政府资助的研发公司，例如鼎鼎有名的洛斯拉莫斯国家实验室和兰德公司；三是与政府相关的非营利组织，例如证券交易委员会辖下的证券投资者保护公司；四是政府支持的风险投资基金；（5）国会授权的非营利组织。{5} 此外，还有一些难以归类的机构，例如著名的史密森学会。这些机构不属于《美国法典》第五篇定义的“机关”。“机关”（Agency）一词，在美国政府组织法上有特别的法律含义，意指《美国法典》第5篇（Title5,U.S.Code）定义的政府部门。一个机构，是否属于“机关”，决定着该机构适用的法律体系。如果该机构是美国政府机关，则受公法规范，反之则不然。其法律地位也难以用统一标准来界定，共性是兼具政府部门和私人部门的法律特征，得到联邦政府的支持。此类机构数量零散，与政府之间的关系大多因特定历史背景形成，法人治理结构也各有特点，目前并无统一的法律予以监管规范。如果此类机构属于美国税法501（c）条款下的“非营利组织”，获得联邦所得税减免待遇，那么必须遵循与之相应的法律规范。
