每个独立行政法人设立之前，有专门为该法人单独制定的个别设置法。独立行政法人的立法监管包括如下要点：
设立标准。独立行政法人的业务内容是国家无须亲为，但交给民间又未必能做好的事务。《独通法》第2条规定，独立行政法人基本要件为：（1）基于国民生活与社会经济安定，确有必要实施的公共事务；（2）毋需以国家为主体亲自直接实施；（3）委托民间恐难以执行，或有必要通过委托方能有效实施时，政府可设置独立行政法人。按照这一标准，其涵盖范围可区分为：造币等业务、考试研究业务、国立学校等文教研修业务、国立医院等医疗卫生业务、统计等业务。其它现由政府机关执行的业务，由各省厅分别加以检讨，如认为本质上不属于国家行政组织所应从事的业务，就应分别民营化、移转民间、由地方公共团体经营或者废止。
组织结构。《独通法》规定，独立行政法人的成立要进行设立登记，名称及其内部组织由个别法规定，至少应设立法人长与监事，由主管省厅首长任命，必须经由公开招募方式选任。法人长代表独立行政法人并管理业务，监事监督业务。由于独立行政法人是国家之外独立存在的（公）法人，原则上不适用国家行政组织法和公务员法。领导层由法人长、监事及营运会议组成，也可设立理事会；营运委员会或理事会成员原则上由法人长任命。
业务运行。独立行政法人成立的目的、任务、工作事项、营运方式，由个别设置法明确规定。主管部委的监督和参与，限于个别法所规定的内容。这是为了扩大独立行政法人的营运裁量权，提升其业务、人事、财务的灵活性及效率。但为防止独立行政法人业务无限制膨胀，其所执行业务必须以个别法规定的范围为限。独立行政法人运行中的突出特色是“目标管理”及“业绩评价”制度。主管省厅订定目标后，交付给独立行政法人执行；各法人据以研拟工作计划，包括达成提升服务、营运效率化的必要措施、预算、收支计划、资金计划等。主管省厅按照目标及计划书内容进行评价。主管省厅对独立行政法人的监督和参与，只限于法人业务及组织营运，尽量排除涉及营运细节的事前管制，而将重点放在事后监督。
监督评鉴。独立行政法人的评价制度配合目标管理由“第三者”进行事后考评。为确保独立行政法人评价的客观性，总务省设立专门的政策评价委员会，会同各省厅设立的独立行政法人营运评价委员会来评鉴业务绩效。各省厅的评价委员会首先考评年度营运及目标实现的程度，根据评价结果向主管省厅提出建议，作为拨付营运费用的参考依据。总务省政策评价委员会进行第二阶段评价，复审各主管省厅考评结果。计划执行完毕时，主管省厅首长通盘检讨业务继续的必要性与组织形态，提出存续、民营化、废止等建议。评价结果必须公开，并作为干部绩效考核及赏罚依据。
