国会的监督。国会决算委员会有权要求非部委公共团体执行长列席说明，以确保公共资源得到妥善运用。国会相关委员会有权检查所有非部委公共团体的支出、行政管理、政策执行等情况。国会可通过质询发起部委的首长，了解各类非部委公共团体的运营状况。
审计长的监督。在财务方面，审计长有权进行审计或由指定会计师进行查核。同时依据法律规定，审计长有权针对非部委公共团体进行绩效审计。
发起部委的监督。政府各部委应设立工作小组，作为部委与团体之间联系、控制预算以及监督的机制。发起部委应与各类公共团体建立良好的伙伴关系，核心要素包括：双方应确立与共同目标一致的利害关系，发起部委要扮演好“看门人”（Gatekeeper）的角色，做好内外部协调沟通工作；双方应建立共同的风险管理制度，提高运行效率，发起部委对不能实现预期目标的风险负有最终责任；而非部委公共团体对其承担的目标，须负完全责任。
内阁办公厅的监督。内阁办公厅设有专门的工作小组和公职任命部门，负责制定相关准则及董事会人事任命。
此外，财政部针对各类非部委公共团体订定一般规范、人事规范及财务规范作为实务指引。
二、日本的独立行政法人
日本政府在上世纪90年代中期启动独立行政法人改革，推动公共服务组织体制创新。独立行政法人改革，是将既有的国家机关或机构改制成为新的独立（公）法人，赋予其与国家法人有别的法律人格，分担履行国家任务。独立行政法人制度的建立，意在将政府的“规划”职能与“实施”职能分立，依照公共事务的内容与性质，追求最适当的组织及营运模式，从而实现政府机构精简，提升行政效率、质量及透明度。此外，独立行政法人从国家行政组织独立出来，可解脱官僚体制的僵化束缚，并将市场竞争原理导入行政机关。其制度优势在于预算和人事方面的灵活性。预算虽然还是国家财政拨款，但财务上采取企业会计原则，而人事上采用“非公务员型”，故不受政府编制和工资法的限制，雇用方式可实现多样化。
日本政府在1997年12月出台的行政改革会议最终报告中，正式倡议将独立行政法人制度纳入《中央省厅等改革基本法》。1999年7月，《独立行政法人通则法》（以下简称“《独通法》”）、《独立行政法人通则法施行之法律整备法》及《总务省设置法》陆续公布，并2001年正式施行。至该年4月，已有57个独立行政法人开始营运，按照计划的进程，中央行政机关所有附属机构在2004年之前全部改制为独立行政法人。{3}
