笔者认为，股份转让协议通常只有违反了效力性规范，才会影响到该协议的效力。若当事人的行为只是违反了强制性规定中的管理性规范，该行为在私法上的效力不应受到影响，即并不必然导致协议的无效，因为违反管理性规定有时被允许并可以补正，当然，这并不排除违法当事人承担相应的行政责任。
（三）与企业章程有冲突的股份转让协议的效力问题
2005年修订后的《公司法》的一个最大的变化就是在公司自治理念的指导下，赋予公司最大程度的自治权，体现这种自治权的载体就是法律允许公司章程可以在法定事项以外，根据公司的实际经营情况和公司治理结构的需要设定公司的相关经营和治理要素。
公司章程实质是一种低于法律秩序的次级秩序。[18]公司章程之所以具有自治规则的特征，主要取决于章程由企业依法自行制定、自己执行并约束内部人员，而无须国家强制力的保证。[19]股份合作制企业具有人合性和封闭性的特征，其章程当然是企业的自治性规则，法律应当尊重企业的自治权，只要其章程不违反法律和行政法规，就应当具有优先的适用效力。即使从法律价值的角度去判断，遵守这样的章程也是符合法律精神的。
前述案例中，该股份合作制企业在章程中对于股份受让的最高限额作了明确的规定，其约定的事项并未违反法律、行政法规的强制性规定，亦未与《指导意见》和《暂行办法》的有关规定相抵触，企业股东对此均应悟守。作为股份受让人的陆某在该企业成立时认缴的股份份额己达章程规定的最高持股限额，如其再受让杨某、吴某、苏某转让的股份，则将会超过章程对于股东最高持股比例的限制。虽然陆某是该企业的法定代表人，其持股比例可以超过该最高限额，但是在程序上必须经过股东大会的同意。
而前述案例的当事人均是职工股东，对章程的内容应当知晓，却在明知章程对股份转让存在限制的情况下，仍然达成股份转让协议，显然违反了章程的规定，也损害了其他股东受让股份的权利，因为该协议虽然不具有《合同法》第52条规定的几种无效情形，但是却违反了其章程关于股东最高持股比例限额的规定。
然而，违反企业章程的股份转让协议是否当然无效，还应当经过正当性的证成，即在以违反企业章程为由而对合同的效力进行认定时，应当遵循必要、适当和比例性的原则，并提供相应的论证，以证明其判断结果的可接受性和可批判性。如果该章程条款的某些规定只是为了企业管理的需要，而不是基于当事人之间利益调整的目的，就难以将其作为认定协议无效的依据，应当赋予当事人补正的机会，即可以认定该协议部分无效、可撤销或者许可当事人予以事后的弥补，使之符合章程的规定。
国家权力对私法领域的干预应当有一个限度和程序的问题，而我国传统司法实务在对法律行为效力的认定上尚欠缺这些意识，普遍在没有充分法律论证的前提下就将违反强制性规定的契约一律认为无效，采纳的是一种“违反=无效”的简单判断模式。[20]因此笔者认为，如果不加以严谨的论证，认为股份转让协议一旦违反企业章程的规定就是无效的，则很可能损害市场交易的安全、增加交易的成本，还可能引发当事人以此为借口逃避合同义务的市场道德危机等问题。
