我国一些地方都在立法权限范围内对股份合作制企业作出了某些规定，但是这些规范性文件的操作性不强，而且效力层级也比较低，难以有效地解决涉及该类企业的各种纠纷问题。由于存在法律缺位的问题，法官在审理此类案件时，要么将股份合作制企业视为与有限责任公司类似的企业以直接适用《公司法》，要么依据《指导意见》、本地的法规和企业章程进行裁决，难以形成逻辑严密、说理充分、适用法律依据准确的裁决。笔者认为，有必要对股份合作制企业的特征与性质进行辨析，特别是与类似的企业—合作社进行比较，以明确股份合作制企业所应当适用的法律依据。
综合上文对股份合作制企业的属性以及与合作社的比较，股份合作制企业兼具人合与资合的特征，是一种新类型的企业，它既具有公司法意义上的有限责任公司的资合特征，但同时又具有一定的封闭性。股份合作制企业是独立的法人，但并不是《公司法》概念上的有限责任公司或股份有限公司。股份合作制企业可以通过改制成为这两类公司，从而可以直接适用《公司法》等法律，但其在改制之前不能直接适用《公司法》，只能适用直接规范股份合作制企业的《指导意见》和地方性法规如《暂行办法》。
因此，笔者认为，审理涉及股份合作制企业的纠纷时，首先需要准确把握股份合作制企业的法律属性，然后结合个案的具体情况，灵活运用自由裁量权，以寻找应当适用的法律与国家政策依据，从而达到平衡各方利益、化解纠纷的目的。就本案而言，因其涉及的是股份合作制企业股份转让协议违反企业章程是否有效的问题，还可适用《合同法》和《民法通则》等一般法律，即应在相应法律缺位的情形下处理好实然法和应然法的准则问题。
从法的解释论角度分析，虽然股份合作制企业有别于公司法所规定的公司形式，但是股份合作制企业毕竟具有股份制的内涵，具有公司法意义上的有限责任公司的资合特征，其市场化运作方式也与公司具有一定的同质性。司法裁判本身是法官对实然法的理解、判断与适用的过程，某些案件的裁判在适用法律时产生认知差异在所难免，而这也是法官行使自由裁量权的外在表现之一，但前提是法官能够准确认识和判断个案的法律事实与实然法则的同一对应关系。因此就前述案例而言，对于《指导意见》和《暂行办法》中未作规定的问题，虽然不能直接适用《公司》，但是可参照适用公司法的基本原理。
